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A Bayesian phylogenetic hidden Markov model for B cell receptor sequence analysis
PLoS computational biology, 2020-08, Vol.16 (8), p.e1008030
2020
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Locally adaptive Bayesian birth-death model successfully detects slow and rapid rate shifts
PLoS computational biology, 2020-10, Vol.16 (10), p.e1007999-e1007999
2020
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Fast, accurate and simulation-free stochastic mapping
Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B. Biological sciences, 2008-12, Vol.363 (1512), p.3985
2008
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Use of High-Resolution Geospatial and Genomic Data to Characterize Recent Tuberculosis Transmission, Botswana
Emerging infectious diseases, 2023-05, Vol.29 (5), p.977-987
2023
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High frequency of hotspot mutations in core genes of Escherichia coli due to short-term positive selection
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2009-07, Vol.106 (30), p.12412-12417
2009
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Detecting the Anomaly Zone in Species Trees and Evidence for a Misleading Signal in Higher-Level Skink Phylogeny (Squamata: Scincidae)
Systematic biology, 2016-05, Vol.65 (3), p.465-477
2016
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Marginal Likelihoods in Phylogenetics: A Review of Methods and Applications
Systematic biology, 2019-09, Vol.68 (5), p.681
2019
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Horseshoe‐based Bayesian nonparametric estimation of effective population size trajectories
Biometrics, 2020-09, Vol.76 (3), p.677-690
2020
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Counting labeled transitions in continuous-time Markov models of evolution
Journal of mathematical biology, 2008-03, Vol.56 (3), p.391-412
2008
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Using Genotype Abundance to Improve Phylogenetic Inference
Molecular biology and evolution, 2018-05, Vol.35 (5), p.1253-1265
2018
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rbrothers: R Package for Bayesian Multiple Change-Point Recombination Detection
Evolutionary Bioinformatics, 2013-01, Vol.2013 (2013), p.235-238
2013
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Synonymous and nonsynonymous distances help untangle convergent evolution and recombination
Statistical applications in genetics and molecular biology, 2015-08, Vol.14 (4), p.375-389
2015
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