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19 Dubious Ways to Compute the Marginal Likelihood of a Phylogenetic Tree Topology
Systematic biology, 2020-03, Vol.69 (2), p.209
2020
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A Bayesian phylogenetic hidden Markov model for B cell receptor sequence analysis
PLoS computational biology, 2020-08, Vol.16 (8), p.e1008030
2020
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Locally adaptive Bayesian birth-death model successfully detects slow and rapid rate shifts
PLoS computational biology, 2020-10, Vol.16 (10), p.e1007999-e1007999
2020
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Fast, accurate and simulation-free stochastic mapping
Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B. Biological sciences, 2008-12, Vol.363 (1512), p.3985
2008
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Estimating effective population size changes from preferentially sampled genetic sequences
PLoS computational biology, 2020-10, Vol.16 (10), p.e1007774-e1007774
2020
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Quantifying and Mitigating the Effect of Preferential Sampling on Phylodynamic Inference
PLoS computational biology, 2016-03, Vol.12 (3), p.e1004789-e1004789
2016
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Predictors of Test Positivity, Mortality, and Seropositivity during the Early Coronavirus Disease Epidemic, Orange County, California, USA
Emerging infectious diseases, 2021-10, Vol.27 (10), p.2604-2618
2021
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Predicting B cell receptor substitution profiles using public repertoire data
PLoS computational biology, 2018-10, Vol.14 (10), p.e1006388-e1006388
2018
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Use of High-Resolution Geospatial and Genomic Data to Characterize Recent Tuberculosis Transmission, Botswana
Emerging infectious diseases, 2023-05, Vol.29 (5), p.977-987
2023
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Recombination-independent rapid convergent evolution of the gastric pathogen Helicobacter pylori
BMC genomics, 2018-11, Vol.19 (1), p.835-835, Article 835
2018
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A linear noise approximation for stochastic epidemic models fit to partially observed incidence counts
Biometrics, 2022-12, Vol.78 (4), p.1530-1541
2022
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Species Delimitation using Genome-Wide SNP Data
Systematic biology, 2014-07, Vol.63 (4), p.534-542
2014
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Smooth Skyride through a Rough Skyline: Bayesian Coalescent-Based Inference of Population Dynamics
Molecular biology and evolution, 2008-07, Vol.25 (7), p.1459-1471
2008
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Detecting the Anomaly Zone in Species Trees and Evidence for a Misleading Signal in Higher-Level Skink Phylogeny (Squamata: Scincidae)
Systematic biology, 2016-05, Vol.65 (3), p.465-477
2016
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Locally Adaptive Smoothing with Markov Random Fields and Shrinkage Priors
Bayesian analysis, 2018-03, Vol.13 (1), p.225-252
2018
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phylodyn: an R package for phylodynamic simulation and inference
Molecular ecology resources, 2017-01, Vol.17 (1), p.96-100
2017
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Marginal Likelihoods in Phylogenetics: A Review of Methods and Applications
Systematic biology, 2019-09, Vol.68 (5), p.681
2019
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Horseshoe‐based Bayesian nonparametric estimation of effective population size trajectories
Biometrics, 2020-09, Vol.76 (3), p.677-690
2020
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Using Genotype Abundance to Improve Phylogenetic Inference
Molecular biology and evolution, 2018-05, Vol.35 (5), p.1253-1265
2018
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An efficient Bayesian inference framework for coalescent-based nonparametric phylodynamics
Bioinformatics, 2015-10, Vol.31 (20), p.3282-3289
2015
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Efficient Data Augmentation for Fitting Stochastic Epidemic Models to Prevalence Data
Journal of computational and graphical statistics, 2017-01, Vol.26 (4), p.918-929
2017
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Rejoinder for discussion on “Horseshoe‐based Bayesian nonparametric estimation of effective population size trajectories”
Biometrics, 2020-09, Vol.76 (3), p.695-699
2020
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Myosin-independent cytokinesis in Giardia utilizes flagella to coordinate force generation and direct membrane trafficking
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2017-07, Vol.114 (29), p.E5854-E5863
2017
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Birth/birth-death processes and their computable transition probabilities with biological applications
Journal of mathematical biology, 2018-03, Vol.76 (4), p.911-944
2018
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Estimation for General Birth-Death Processes
Journal of the American Statistical Association, 2014-06, Vol.109 (506), p.730-747
2014
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