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Integrative inference of subclonal tumour evolution from single-cell and bulk sequencing data
Nature communications, 2019-06, Vol.10 (1), p.2750-12, Article 2750
2019
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Clonality inference in multiple tumor samples using phylogeny
Bioinformatics, 2015-05, Vol.31 (9), p.1349-1356
2015
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Studying the History of Tumor Evolution from Single-Cell Sequencing Data by Exploring the Space of Binary Matrices
Journal of computational biology, 2021-09, Vol.28 (9), p.857
2021
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A multi-labeled tree dissimilarity measure for comparing "clonal trees" of tumor progression
Algorithms for molecular biology, 2019-07, Vol.14 (1), p.17-17, Article 17
2019
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Single-cell methylation sequencing data reveal succinct metastatic migration histories and tumor progression models
Genome research, 2023-07, Vol.33 (7), p.1089
2023
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Cypiripi: exact genotyping of CYP2D6 using high-throughput sequencing data
Bioinformatics (Oxford, England), 2015-06, Vol.31 (12), p.i27-i34
2015
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Tumor Phylogeny Topology Inference via Deep Learning
iScience, 2020-11, Vol.23 (11), p.101655-101655, Article 101655
2020
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Allelic decomposition and exact genotyping of highly polymorphic and structurally variant genes
Nature communications, 2018-02, Vol.9 (1), p.828-11, Article 828
2018
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Fast intratumor heterogeneity inference from single-cell sequencing data
Nature Computational Science, 2022-09, Vol.2 (9), p.577
2022
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Characterizing genetic intra-tumor heterogeneity across 2,658 human cancer genomes
Cell, 2021-04, Vol.184 (8), p.2239-2254.e39
2021
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PhISCS: a combinatorial approach for subperfect tumor phylogeny reconstruction via integrative use of single-cell and bulk sequencing data
Genome research, 2019-11, Vol.29 (11), p.1860
2019
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PhISCS-BnB: a fast branch and bound algorithm for the perfect tumor phylogeny reconstruction problem
Bioinformatics (Oxford, England), 2020-07, Vol.36 (Supplement_1), p.i169-i176
2020
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Collaborative intra-tumor heterogeneity detection
Bioinformatics, 2019-07, Vol.35 (14), p.i379-i388
2019
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A community effort to create standards for evaluating tumor subclonal reconstruction
Nature biotechnology, 2020-01, Vol.38 (1), p.97-107
2020
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Abstract LB020: Epigenomic tumor evolution modeling with single-cell methylation data profiling
Cancer research (Chicago, Ill.), 2021-07, Vol.81 (13_Supplement), p.LB020-LB020
2021
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Identification of conserved evolutionary trajectories in tumors
Bioinformatics (Oxford, England), 2020-07, Vol.36 (Supplement_1), p.i427-i435
2020
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Neutral tumor evolution?
Nature genetics, 2018-12, Vol.50 (12), p.1630-1633
2018
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Crowd-sourced benchmarking of single-sample tumor subclonal reconstruction
Nature biotechnology, 2024-06
2024
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Abstract A07: Sequential ctDNA analysis detected preclinical relapse in patients with metastatic colorectal cancer from the Exactis trial (NCT00984048)
Clinical cancer research, 2020-06, Vol.26 (11_Supplement), p.A07-A07
2020
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Abstract 218: The evolutionary history of 2,658 cancers
Cancer research (Chicago, Ill.), 2018-07, Vol.78 (13_Supplement), p.218-218
2018
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Abstract 3000: Pervasive intra-tumour heterogeneity and subclonal selection across cancer types
Cancer research (Chicago, Ill.), 2018-07, Vol.78 (13_Supplement), p.3000-3000
2018
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Abstract LB019: Trisicell: Scalable Tumor Phylogeny Reconstruction and Validation Reveals Developmental Origin and Therapeutic Impact of Intratumoral Heterogeneity
Cancer research (Chicago, Ill.), 2021-07, Vol.81 (13_Supplement), p.LB019-LB019
2021
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Abstract 127: Single-cell methylation sequencing data reveals succinct metastatic migration histories and tumor progression models
Cancer research (Chicago, Ill.), 2023-04, Vol.83 (7_Supplement), p.127-127
2023
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Determining Optimal Placement of Copy Number Aberration Impacted Single Nucleotide Variants in a Tumor Progression History
Research in Computational Molecular Biology, 2024, Vol.14758, p.438-443
2024
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