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High Energy Channeling and Malleable Transition States: Molecular Dynamics Simulations and Free Energy Landscapes for the Thermal Unfolding of Protein U1A and 13 Mutants
Biomolecules (Basel, Switzerland), 2022-07, Vol.12 (7), p.940
2022
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A study of collective atomic fluctuations and cooperativity in the U1A–RNA complex based on molecular dynamics simulations
Journal of structural biology, 2007-03, Vol.157 (3), p.500-513
2007
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Affinity and Specificity of Protein U1A-RNA Complex Formation Based on an Additive Component Free Energy Model
Journal of molecular biology, 2007-08, Vol.371 (5), p.1405-1419
2007
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Spectral analysis of molecular dynamics simulations on PDZ: MD sectors
Journal of biomolecular structure & dynamics, 2020-02, Vol.38 (3), p.781-790
2020
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U1A protein-stem loop 2 RNA recognition: Prediction of structural differences from protein mutations
Biopolymers, 2011-09, Vol.95 (9), p.591-606
2011
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Molecular dynamics simulation studies of induced fit and conformational capture in U1A-RNA binding: Do molecular substates code for specificity?
Biopolymers, 2002-12, Vol.65 (6), p.424-435
2002
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Nucleic acids: theory and computer simulation, Y2K
Current Opinion in Structural Biology, 2000-04, Vol.10 (2), p.182-196
2000
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Structural bioinformatics of DNA: a web-based tool for the analysis of molecular dynamics results and structure prediction
Bioinformatics, 2006-04, Vol.22 (8), p.1007-1009
2006
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Molecular dynamics simulation studies of a protein-RNA complex with a selectively modified binding interface
Biopolymers, 2006-03, Vol.81 (4), p.256-269
2006
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Molecular dynamics of HIV-1 protease
Proteins, structure, function, and bioinformatics, 1992-07, Vol.13 (3), p.175-194
1992
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CTL Recognition of a Protective Immunodominant Influenza A Virus Nucleoprotein Epitope Utilizes a Highly Restricted Vβ but Diverse Vα Repertoire: Functional and Structural Implications
Journal of molecular biology, 2007-09, Vol.372 (2), p.535-548
2007
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Molecular dynamics studies of DNA
Current opinion in structural biology, 1994, Vol.4 (2), p.246-255
1994
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Molecular dynamics simulation reveals sequence-intrinsic and protein-induced geometrical features of the OL1 DNA operator
Biopolymers, 2001-10, Vol.59 (4), p.205-225
2001
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One nanosecond molecular dynamics simulation of the N-terminal domain of the λ repressor protein
Biopolymers, 2000-06, Vol.53 (7), p.596-605
2000
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Molecular dynamics simulation accurately predicts the experimentally-observed distributions of the (C, N, O) protein atoms around water molecules and sodium ions
Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2000-05, Vol.39 (3), p.212-215
2000
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Conformational Properties of the TATA-Box Binding Sequence of DNA
Journal of biomolecular structure & dynamics, 1997-06, Vol.14 (6), p.757-765
1997
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Conformational and helicoidal analysis of the molecular dynamics of proteins: "Curves," dials and windows for a 50 psec dynamic trajectory of BPTI
Proteins, structure, function, and bioinformatics, 1990, Vol.8 (2), p.179-193
1990
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The Coronary Artery Disease-associated Coding Variant in Zinc Finger C3HC-type Containing 1 (ZC3HC1) Affects Cell Cycle Regulation
The Journal of biological chemistry, 2016-07, Vol.291 (31), p.16318-16327
2016
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HADHB, HuR, and CP1 Bind to the Distal 3′-Untranslated Region of Human Renin mRNA and Differentially Modulate Renin Expression
The Journal of biological chemistry, 2003-11, Vol.278 (45), p.44894-44903
2003
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