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MetaMapR: pathway independent metabolomic network analysis incorporating unknowns
Bioinformatics, 2015-08, Vol.31 (16), p.2757-2760
2015
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Pathview: an R/Bioconductor package for pathway-based data integration and visualization
Bioinformatics, 2013-07, Vol.29 (14), p.1830-1831
2013
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PrecursorFinder: a customized biosynthetic precursor explorer
Bioinformatics (Oxford, England), 2019-05, Vol.35 (9), p.1603-1604
2019
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Multi-omic integration by machine learning (MIMaL)
Bioinformatics (Oxford, England), 2022-10, Vol.38 (21), p.4908-4918
2022
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Efficient searching and annotation of metabolic networks using chemical similarity
Bioinformatics, 2015-04, Vol.31 (7), p.1016-1024
2015
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INCA: a computational platform for isotopically non-stationary metabolic flux analysis
Bioinformatics, 2014-05, Vol.30 (9), p.1333-1335
2014
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Context-specific metabolic network reconstruction of a naphthalene-degrading bacterial community guided by metaproteomic data
Bioinformatics, 2015-06, Vol.31 (11), p.1771-1779
2015
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Selenzyme: enzyme selection tool for pathway design
Bioinformatics, 2018-06, Vol.34 (12), p.2153-2154
2018
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pyTFA and matTFA: a Python package and a Matlab toolbox for Thermodynamics-based Flux Analysis
Bioinformatics, 2019-01, Vol.35 (1), p.167-169
2019
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Standardizing biomass reactions and ensuring complete mass balance in genome-scale metabolic models
Bioinformatics (Oxford, England), 2017-11, Vol.33 (22), p.3603-3609
2017
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AOP-helpFinder webserver: a tool for comprehensive analysis of the literature to support adverse outcome pathways development
Bioinformatics, 2022-01, Vol.38 (4), p.1173-1175
2022
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Microbiome Modelling Toolbox 2.0: efficient, tractable modelling of microbiome communities
Bioinformatics, 2022-04, Vol.38 (8), p.2367-2368
2022
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Simultaneous prediction of enzyme orthologs from chemical transformation patterns for de novo metabolic pathway reconstruction
Bioinformatics, 2016-06, Vol.32 (12), p.i278-i287
2016
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M-path: a compass for navigating potential metabolic pathways
Bioinformatics, 2015-03, Vol.31 (6), p.905-911
2015
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Cytoscape app store
Bioinformatics, 2013-05, Vol.29 (10), p.1350-1351
2013
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Probabilistic thermodynamic analysis of metabolic networks
Bioinformatics (Oxford, England), 2021-09, Vol.37 (18), p.2938-2945
2021
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fastGapFill: efficient gap filling in metabolic networks
Bioinformatics (Oxford, England), 2014-09, Vol.30 (17), p.2529-2531
2014
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Accurate flux predictions using tissue-specific gene expression in plant metabolic modeling
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-05, Vol.39 (5)
2023
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Reconstructor: a COBRApy compatible tool for automated genome-scale metabolic network reconstruction with parsimonious flux-based gap-filling
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-06, Vol.39 (6)
2023
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CNApy: a CellNetAnalyzer GUI in Python for analyzing and designing metabolic networks
Bioinformatics (Oxford, England), 2022-02, Vol.38 (5), p.1467-1469
2022
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DEMETER: efficient simultaneous curation of genome-scale reconstructions guided by experimental data and refined gene annotations
Bioinformatics (Oxford, England), 2021-11, Vol.37 (21), p.3974-3975
2021
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MLGL-MP: a Multi-Label Graph Learning framework enhanced by pathway interdependence for Metabolic Pathway prediction
Bioinformatics, 2022-06, Vol.38 (Supplement_1), p.i325-i332
2022
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COVRECON: automated integration of genome- and metabolome-scale network reconstruction and data-driven inverse modeling of metabolic interaction networks
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-07, Vol.39 (7)
2023
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Maximization of non-idle enzymes improves the coverage of the estimated maximal in vivo enzyme catalytic rates in Escherichia coli
Bioinformatics (Oxford, England), 2021-11, Vol.37 (21), p.3848-3855
2021
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Integrating quantitative proteomics and metabolomics with a genome-scale metabolic network model
Bioinformatics, 2010-06, Vol.26 (12), p.i255-i260
2010
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