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The Contribution of Neanderthals to Phenotypic Variation in Modern Humans
American journal of human genetics, 2017-10, Vol.101 (4), p.578-589
2017
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High-throughput DNA sequencing - concepts and limitations
BioEssays, 2010-06, Vol.32 (6), p.524-536
2010
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Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution
Bioinformatics, 2018-12, Vol.34 (23), p.4121-4123
2018
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PhenoScanner V2: an expanded tool for searching human genotype–phenotype associations
Bioinformatics, 2019-11, Vol.35 (22), p.4851-4853
2019
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DNABERT: pre-trained Bidirectional Encoder Representations from Transformers model for DNA-language in genome
Bioinformatics (Oxford, England), 2021-08, Vol.37 (15), p.2112-2120
2021
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Scaling tree-based automated machine learning to biomedical big data with a feature set selector
Bioinformatics, 2020-01, Vol.36 (1), p.250-256
2020
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Limits of long-term selection against Neandertal introgression
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2019-01, Vol.116 (5), p.1639-1644
2019
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leeHom: adaptor trimming and merging for Illumina sequencing reads
Nucleic acids research, 2014-10, Vol.42 (18), p.e141
2014
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Phandango: an interactive viewer for bacterial population genomics
Bioinformatics, 2018-01, Vol.34 (2), p.292-293
2018
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VICTOR: genome-based phylogeny and classification of prokaryotic viruses
Bioinformatics (Oxford, England), 2017-11, Vol.33 (21), p.3396-3404
2017
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GRNBoost2 and Arboreto: efficient and scalable inference of gene regulatory networks
Bioinformatics (Oxford, England), 2019-06, Vol.35 (12), p.2159-2161
2019
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Prediction of lncRNA-disease associations based on inductive matrix completion
Bioinformatics, 2018-10, Vol.34 (19), p.3357-3364
2018
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Schmutzi: estimation of contamination and endogenous mitochondrial consensus calling for ancient DNA
Genome Biology, 2015-10, Vol.16 (1), p.224-224, Article 224
2015
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Fast and sensitive taxonomic assignment to metagenomic contigs
Bioinformatics (Oxford, England), 2021-09, Vol.37 (18), p.3029-3031
2021
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PHYLOViZ 2.0: providing scalable data integration and visualization for multiple phylogenetic inference methods
Bioinformatics (Oxford, England), 2017-01, Vol.33 (1), p.128-129
2017
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TCGA-assembler 2: software pipeline for retrieval and processing of TCGA/CPTAC data
Bioinformatics, 2018-05, Vol.34 (9), p.1615-1617
2018
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A learning-based framework for miRNA-disease association identification using neural networks
Bioinformatics, 2019-11, Vol.35 (21), p.4364-4371
2019
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TissueEnrich: Tissue-specific gene enrichment analysis
Bioinformatics (Oxford, England), 2019-06, Vol.35 (11), p.1966-1967
2019
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deML: robust demultiplexing of Illumina sequences using a likelihood-based approach
Bioinformatics, 2015-03, Vol.31 (5), p.770-772
2015
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The genomic landscape of Neanderthal ancestry in present-day humans
Nature (London), 2014-03, Vol.507 (7492), p.354-357
2014
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Functional implications of Neandertal introgression in modern humans
Genome Biology, 2017-04, Vol.18 (1), p.61-61, Article 61
2017
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Variable selection and validation in multivariate modelling
Bioinformatics, 2019-03, Vol.35 (6), p.972-980
2019
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DAPAR & ProStaR: software to perform statistical analyses in quantitative discovery proteomics
Bioinformatics (Oxford, England), 2017-01, Vol.33 (1), p.135-136
2017
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SinNLRR: a robust subspace clustering method for cell type detection by non-negative and low-rank representation
Bioinformatics, 2019-10, Vol.35 (19), p.3642-3650
2019
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Phyx: phylogenetic tools for unix
Bioinformatics (Oxford, England), 2017-06, Vol.33 (12), p.1886-1888
2017
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