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FastME 2.0: A Comprehensive, Accurate, and Fast Distance-Based Phylogeny Inference Program

Molecular biology and evolution, 2015-10, Vol.32 (10), p.2798-2800

2015

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Phylogenetic Analysis of SARS-CoV-2 Data Is Difficult

Molecular biology and evolution, 2021-05, Vol.38 (5), p.1777-1791

2021

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Complex patterns of reticulate evolution in opportunistic weeds (Potentilla L., Rosaceae), as revealed by low-copy nuclear markers

BMC ecology and evolution, 2020-03, Vol.20, p.1

2020

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Evolutionary patterns and processes in animal microbiomes

Journal of evolutionary biology, 2023-12, Vol.36 (12), p.1653-1658

2023

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Evolution of Rosaceae Fruit Types Based on Nuclear Phylogeny in the Context of Geological Times and Genome Duplication

Molecular biology and evolution, 2017-02, Vol.34 (2), p.262-281

2017

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A phylogenetic framework for evolutionary study of the nightshades (Solanaceae): a dated 1000-tip tree

BMC evolutionary biology, 2013-09, Vol.13, p.214

2013

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EVOLUTION IN EXTREME ENVIRONMENTS: REPLICATED PHENOTYPIC DIFFERENTIATION IN LIVEBEARING FISH INHABITING SULFIDIC SPRINGS

Evolution, 2011-08, Vol.65 (8), p.2213-2228

2011

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Embryo-Like Features in Developing Bacillus subtilis Biofilms

Molecular biology and evolution, 2021-01, Vol.38 (1), p.31-47

2021

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Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods

Genome Biology, 2019-07, Vol.20 (1), p.144-144, Article 144

2019

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The New Tree of Eukaryotes

Trends in ecology & evolution (Amsterdam), 2020-01, Vol.35 (1), p.43-55

2020

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Comparative genomics and transcriptomics analysis reveals evolution patterns of selection in the Salix phylogeny

BMC genomics, 2019-03, Vol.20 (1), p.253-253, Article 253

2019

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The evolutionary history of termites as inferred from 66 mitochondrial genomes

Molecular biology and evolution, 2015-02, Vol.32 (2), p.406-421

2015

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Complete chloroplast genome sequence of Betula platyphylla: gene organization, RNA editing, and comparative and phylogenetic analyses

BMC genomics, 2018-12, Vol.19 (1), p.950-950, Article 950

2018

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BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes

Molecular biology and evolution, 2021-10, Vol.38 (10), p.4647-4654

2021

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IQ-TREE 2: New Models and Efficient Methods for Phylogenetic Inference in the Genomic Era

Molecular biology and evolution, 2020-05, Vol.37 (5), p.1530-1534

2020

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OrthoFinder: phylogenetic orthology inference for comparative genomics

Genome Biology, 2019-11, Vol.20 (1), p.238-238, Article 238

2019

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A multi-locus time-calibrated phylogeny of the brown algae (Heterokonta, Ochrophyta, Phaeophyceae): Investigating the evolutionary nature of the “brown algal crown radiation”

Molecular phylogenetics and evolution, 2010-08, Vol.56 (2), p.659-674

2010

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Phylotranscriptomics Resolves the Phylogeny of Pooideae and Uncovers Factors for Their Adaptive Evolution

Molecular biology and evolution, 2022-02, Vol.39 (2)

2022

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Revisiting phylogenetic signal; strong or negligible impacts of polytomies and branch length information?

BMC evolutionary biology, 2017-02, Vol.17 (1), p.53

2017

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MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms

Molecular biology and evolution, 2018-06, Vol.35 (6), p.1547-1549

2018

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UFBoot2: Improving the Ultrafast Bootstrap Approximation

Molecular biology and evolution, 2018-02, Vol.35 (2), p.518-522

2018

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Evolutionary History of True Crabs (Crustacea: Decapoda: Brachyura) and the Origin of Freshwater Crabs

Molecular biology and evolution, 2014-05, Vol.31 (5), p.1173-1187

2014

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Molecular phylogeny of deep-sea blind lobsters of the family Polychelidae (Decapoda: Polychelida), with implications for the origin and evolution of these "living fossils"

Molecular phylogenetics and evolution, 2024-03, Vol.192, p.107998-107998, Article 107998

2024

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Environmental Niche Equivalency versus Conservatism: Quantitative Approaches to Niche Evolution

Evolution, 2008-11, Vol.62 (11), p.2868-2883

2008

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Mitochondrial genome evolution in parasitic plants

BMC ecology and evolution, 2019-04, Vol.19 (1), p.87

2019

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