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Long-range interactions between topologically associating domains shape the four-dimensional genome during differentiation
Nature genetics, 2019-05, Vol.51 (5), p.835-843
2019
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Chrom3D: three-dimensional genome modeling from Hi-C and nuclear lamin-genome contacts
Genome Biology, 2017-01, Vol.18 (1), p.21-21, Article 21
2017
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MoDLE: high-performance stochastic modeling of DNA loop extrusion interactions
Genome Biology, 2022-11, Vol.23 (1), p.247-247, Article 247
2022
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Hi-C-constrained physical models of human chromosomes recover functionally-related properties of genome organization
Scientific reports, 2016-10, Vol.6 (1), p.35985-35985, Article 35985
2016
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Manifold Based Optimization for Single-Cell 3D Genome Reconstruction
PLoS computational biology, 2015-08, Vol.11 (8), p.e1004396-e1004396
2015
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4D nucleomes in single cells: what can computational modeling reveal about spatial chromatin conformation?
Genome Biology, 2016-04, Vol.17 (1), p.54-54, Article 54
2016
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TAD cliques predict key features of chromatin organization
BMC genomics, 2021-07, Vol.22 (1), p.499-499, Article 499
2021
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A statistical model of ChIA-PET data for accurate detection of chromatin 3D interactions
Nucleic acids research, 2014-10, Vol.42 (18), p.e143
2014
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The Regulatory Landscape of Osteogenic Differentiation
Stem cells (Dayton, Ohio), 2014-10, Vol.32 (10), p.2780-2793
2014
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Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized
PloS one, 2010-11, Vol.5 (11), p.e13714-e13714
2010
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Modeling the 3D Genome Using Hi-C and Nuclear Lamin-Genome Contacts
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2022, Vol.2301, p.337
2022
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Lamin A, Chromatin and FPLD2: Not Just a Peripheral Ménage-à-Trois
Frontiers in cell and developmental biology, 2018-07, Vol.6, p.73-73
2018
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Computational 3D genome modeling using Chrom3D
Nature protocols, 2018-05, Vol.13 (5), p.1137-1152
2018
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  • BibTeX
Manifold Based Optimization for Single-Cell 3D Genome Reconstruction: e1004396
PLoS computational biology, 2015-08, Vol.11 (8)
2015
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Carcinogen susceptibility is regulated by genome architecture and predicts cancer mutagenesis
The EMBO journal, 2017-10, Vol.36 (19), p.2829-2843
2017
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  • BibTeX
Ion-pair mediated transport of small model peptides in liquid phase micro extraction under acidic conditions
Journal of separation science, 2005-02, Vol.28 (3), p.295-300
2005
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The lipodystrophic hotspot lamin A p.R482W mutation deregulates the mesodermal inducer T/Brachyury and early vascular differentiation gene networks
Human molecular genetics, 2018-04, Vol.27 (8), p.1447-1459
2018
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HiBrowse: multi-purpose statistical analysis of genome-wide chromatin 3D organization
Bioinformatics, 2014-06, Vol.30 (11), p.1620-1622
2014
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Galaxy Portal: interacting with the galaxy platform through mobile devices
Bioinformatics, 2016-06, Vol.32 (11), p.1743-1745
2016
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  • BibTeX
Handling realistic assumptions in hypothesis testing of 3D co-localization of genomic elements
Nucleic acids research, 2013-05, Vol.41 (10), p.5164
2013
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The Genomic HyperBrowser: an analysis web server for genome-scale data
Nucleic acids research, 2013-07, Vol.41 (Web Server issue), p.W133
2013
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Alkbh1 and Tzfp repress a non-repeat piRNA cluster in pachytene spermatocytes
Nucleic acids research, 2012-11, Vol.40 (21), p.10950
2012
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Lamin A, Chromatin and FPLD2:Not ust a Peripheral Ménage-à-Trois
Frontiers in cell and developmental biology, 2018
2018
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  • BibTeX
assessment of mitochondrial variation in Arctic gadoids
Polar biology, 2009-03, Vol.32 (3), p.471-479
2009
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Rapid Evolution of the Intergenic T-P Spacer in the mtDNA of Arctic Cod Arctogadus glacialis
Marine biotechnology (New York, N.Y.), 2008-05, Vol.10 (3), p.270-277
2008
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