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BioNet: A Python interface to NEURON for modeling large-scale networks
PloS one, 2018-08, Vol.13 (8), p.e0201630-e0201630
2018
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Sleep disrupts complex spiking dynamics in the neocortex and hippocampus
PloS one, 2023-08, Vol.18 (8), p.e0290146-e0290146
2023
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Entrainment to periodic initiation and transition rates in a computational model for gene translation
PloS one, 2014-05, Vol.9 (5), p.e96039-e96039
2014
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Models of protein production along the cell cycle: An investigation of possible sources of noise
PloS one, 2020-01, Vol.15 (1), p.e0226016-e0226016
2020
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Stochastic simulation and statistical inference platform for visualization and estimation of transcriptional kinetics
PloS one, 2020-03, Vol.15 (3), p.e0230736-e0230736
2020
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A computational model of liver tissue damage and repair
PloS one, 2020-12, Vol.15 (12), p.e0243451
2020
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A mathematical modelling framework for the regulation of intra-cellular OCT4 in human pluripotent stem cells
PloS one, 2021-08, Vol.16 (8), p.e0254991-e0254991
2021
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Identifying feasible operating regimes for early T-cell recognition: The speed, energy, accuracy trade-off in kinetic proofreading and adaptive sorting
PloS one, 2018-08, Vol.13 (8), p.e0202331-e0202331
2018
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Small GTPase patterning: How to stabilise cluster coexistence
PloS one, 2019-03, Vol.14 (3), p.e0213188-e0213188
2019
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Transfer entropy reconstruction and labeling of neuronal connections from simulated calcium imaging
PloS one, 2014-06, Vol.9 (6), p.e98842-e98842
2014
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On system-spanning demixing properties of cell polarization
PloS one, 2019-06, Vol.14 (6), p.e0218328-e0218328
2019
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Piece-wise linear models of biological systems-Application, analysis, and comparison with nonlinear models using the example of the p53 regulatory module
PloS one, 2020-12, Vol.15 (12), p.e0243823-e0243823
2020
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Feasibility and reliability of sequential logic with gene regulatory networks
PloS one, 2021-03, Vol.16 (3), p.e0249234-e0249234
2021
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The role of fluctuations in determining cellular network thermodynamics
PloS one, 2020-03, Vol.15 (3), p.e0230076-e0230076
2020
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Characterization of noise in multistable genetic circuits reveals ways to modulate heterogeneity
PloS one, 2018-03, Vol.13 (3), p.e0194779-e0194779
2018
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Quasi-periodic migration of single cells on short microlanes
PloS one, 2020-04, Vol.15 (4), p.e0230679-e0230679
2020
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A computational model of stem cell molecular mechanism to maintain tissue homeostasis
PloS one, 2020-07, Vol.15 (7), p.e0236519-e0236519
2020
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The Calorimeter Trigger Processor Card: the next generation of high speed algorithmic data processing at CMS
Journal of instrumentation, 2016-02, Vol.11 (2), p.C02011-C02011
2016
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Spontaneous NF-κB activation by autocrine TNFα signaling: a computational analysis
PloS one, 2013-11, Vol.8 (11), p.e78887-e78887
2013
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Cardio-respiratory coordination increases during sleep apnea
PloS one, 2014-04, Vol.9 (4), p.e93866-e93866
2014
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Theoretical analysis of inducer and operator binding for cyclic-AMP receptor protein mutants
PloS one, 2018-09, Vol.13 (9), p.e0204275-e0204275
2018
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Dynamical phenotyping: using temporal analysis of clinically collected physiologic data to stratify populations
PloS one, 2014-06, Vol.9 (6), p.e96443-e96443
2014
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Competition in notch signaling with cis enriches cell fate decisions
PloS one, 2014-04, Vol.9 (4), p.e95744-e95744
2014
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The influence of promoter architectures and regulatory motifs on gene expression in Escherichia coli
PloS one, 2014-12, Vol.9 (12), p.e114347-e114347
2014
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A parallel metaheuristic for large mixed-integer dynamic optimization problems, with applications in computational biology
PloS one, 2017-08, Vol.12 (8), p.e0182186-e0182186
2017
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