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Spatial preferences of microRNA targets in 3' untranslated regions
BMC genomics, 2007-06, Vol.8 (1), p.152-152
2007
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Glucocorticoid receptor recruits to enhancers and drives activation by motif-directed binding
Genome research, 2018-09, Vol.28 (9), p.1272
2018
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Correction of Dystrophin Expression in Cells From Duchenne Muscular Dystrophy Patients Through Genomic Excision of Exon 51 by Zinc Finger Nucleases
Molecular therapy, 2015-03, Vol.23 (3), p.523-532
2015
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Efficient Genome-Wide Sequencing and Low-Coverage Pedigree Analysis from Noninvasively Collected Samples
Genetics (Austin), 2016-06, Vol.203 (2), p.699-714
2016
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Orion: Detecting regions of the human non-coding genome that are intolerant to variation using population genetics
PloS one, 2017-08, Vol.12 (8), p.e0181604-e0181604
2017
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Human genome-wide measurement of drug-responsive regulatory activity
Nature communications, 2018-12, Vol.9 (1), p.5317-9, Article 5317
2018
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Motif composition, conservation and condition-specificity of single and alternative transcription start sites in the Drosophila genome
Genome biology, 2009-01, Vol.10 (7), p.R73-R73
2009
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Pre-established Chromatin Interactions Mediate the Genomic Response to Glucocorticoids
Cell systems, 2018-08, Vol.7 (2), p.146-160.e7
2018
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Multiplex CRISPR/Cas9-based genome editing for correction of dystrophin mutations that cause Duchenne muscular dystrophy
Nature communications, 2015-02, Vol.6 (1), p.6244-6244, Article 6244
2015
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Modeling the evolution of regulatory elements by simultaneous detection and alignment with phylogenetic pair HMMs
PLoS computational biology, 2010-12, Vol.6 (12), p.e1001037-e1001037
2010
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Direct GR Binding Sites Potentiate Clusters of TF Binding across the Human Genome
Cell, 2016-08, Vol.166 (5), p.1269-1281.e19
2016
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Full-length dystrophin restoration via targeted exon integration by AAV-CRISPR in a humanized mouse model of Duchenne muscular dystrophy
Molecular therapy, 2021-11, Vol.29 (11), p.3243-3257
2021
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A viral microRNA functions as an orthologue of cellular miR-155
Nature, 2007-12, Vol.450 (7172), p.1096-1099
2007
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Massively parallel quantification of the regulatory effects of noncoding genetic variation in a human cohort
Genome research, 2015-08, Vol.25 (8), p.1206
2015
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Predicting gene structure changes resulting from genetic variants via exon definition features
Bioinformatics, 2018-11, Vol.34 (21), p.3616-3623
2018
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Correcting signal biases and detecting regulatory elements in STARR-seq data
Genome research, 2021-05, Vol.31 (5), p.877
2021
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MicroRNA target site identification by integrating sequence and binding information
Nature methods, 2013-07, Vol.10 (7), p.630
2013
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Efficient decoding algorithms for generalized hidden Markov model gene finders
BMC bioinformatics, 2005-01, Vol.6 (1), p.16-16, Article 16
2005
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Bayesian estimation of genetic regulatory effects in high-throughput reporter assays
Bioinformatics, 2020-01, Vol.36 (2), p.331-338
2020
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Improved transcript isoform discovery using ORF graphs
Bioinformatics (Oxford, England), 2014-07, Vol.30 (14), p.1958-1964
2014
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Automated annotation of gene expression image sequences via non-parametric factor analysis and conditional random fields
Bioinformatics, 2013-07, Vol.29 (13), p.i27-i35
2013
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An empirical analysis of training protocols for probabilistic gene finders
BMC bioinformatics, 2004-12, Vol.5 (1), p.206-206, Article 206
2004
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High-throughput interpretation of gene structure changes in human and nonhuman resequencing data, using ACE
Bioinformatics (Oxford, England), 2017-05, Vol.33 (10), p.1437-1446
2017
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Genomics and natural language processing
Nature reviews. Genetics, 2002-08, Vol.3 (8), p.601-610
2002
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Evaluating Chromatin Accessibility Differences Across Multiple Primate Species Using a Joint Modeling Approach
Genome biology and evolution, 2019-10, Vol.11 (10), p.3035-3053
2019
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