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Phosphotyrosine-based Phosphoproteomics for Target Identification and Drug Response Prediction in AML Cell Lines
Molecular & cellular proteomics, 2020-05, Vol.19 (5), p.884-899
2020
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INKA, an integrative data analysis pipeline for phosphoproteomic inference of active kinases
Molecular systems biology, 2019-04, Vol.15 (4), p.e8250-n/a
2019
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Phosphoproteomic profiling of T cell acute lymphoblastic leukemia reveals targetable kinases and combination treatment strategies
Nature communications, 2022-02, Vol.13 (1), p.1048-1048, Article 1048
2022
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Phosphoproteomics guides effective low-dose drug combinations against pancreatic ductal adenocarcinoma
Cell reports (Cambridge), 2023-06, Vol.42 (6), p.112581-112581, Article 112581
2023
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Quantitative Phosphoproteomic Analysis Reveals Dendritic Cell- Specific STAT Signaling After α2-3-Linked Sialic Acid Ligand Binding
Frontiers in immunology, 2021-04, Vol.12, p.673454-673454
2021
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INKA, an integrative data analysis pipeline for phosphoproteomic inference of active kinases
Molecular systems biology, 2019-05, Vol.15 (5), p.e8981-n/a
2019
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iq: an R package to estimate relative protein abundances from ion quantification in DIA-MS-based proteomics
Bioinformatics, 2020-04, Vol.36 (8), p.2611-2613
2020
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A transformer architecture for retention time prediction in liquid chromatography mass spectrometry‐based proteomics
Proteomics (Weinheim), 2023-04, Vol.23 (7-8), p.e2200041-n/a
2023
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Inferring kinase activity from phosphoproteomic data: Tool comparison and recent applications
Mass spectrometry reviews, 2022-09, p.e21808-e21808
2022
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Tumor Drug Concentration and Phosphoproteomic Profiles After Two Weeks of Treatment With Sunitinib in Patients with Newly Diagnosed Glioblastoma
Clinical cancer research, 2022-04, Vol.28 (8), p.1595-1602
2022
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Phosphoproteomic Analysis of FLCN Inactivation Highlights Differential Kinase Pathways and Regulatory TFEB Phosphoserines
Molecular & cellular proteomics, 2022-09, Vol.21 (9), p.100263, Article 100263
2022
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Transcription and alternative splicing in the yir multigene family of the malaria parasite Plasmodium y. yoelii: Identification of motifs suggesting epigenetic and post-transcriptional control of RNA expression
Molecular and biochemical parasitology, 2007-11, Vol.156 (1), p.1-11
2007
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Candidate biomarkers for treatment benefit from sunitinib in patients with advanced renal cell carcinoma using mass spectrometry-based (phospho)proteomics
Clinical proteomics, 2023-11, Vol.20 (1), p.1-49, Article 49
2023
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Proteomic identification of Axc, a novel beta-lactamase with carbapenemase activity in a meropenem-resistant clinical isolate of Achromobacter xylosoxidans
Scientific reports, 2018-05, Vol.8 (1), p.8181-12, Article 8181
2018
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Cloud Parallel Processing of Tandem Mass Spectrometry Based Proteomics Data
Journal of proteome research, 2012-10, Vol.11 (10), p.5101-5108
2012
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Identifying Proteins in Zebrafish Embryos Using Spectral Libraries Generated from Dissected Adult Organs and Tissues
Journal of proteome research, 2014-03, Vol.13 (3), p.1537-1544
2014
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Retention time prediction and protein identification
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2013, Vol.1007, p.101
2013
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Prediction of response to sunitinib in patients with advanced renal cell carcinoma (RCC) using mass spectrometry-based (phospho) proteomics
Journal of clinical oncology, 2021-05, Vol.39 (15_suppl), p.e16556-e16556
2021
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Tumor drug concentration and phosphoproteomic profiles after two weeks of treatment with sunitinib in patients with newly-diagnosed glioblastoma
Clinical cancer research, 2022-02
2022
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Phosphotyrosine-based Phosphoproteomics for Target Identification and Drug Response Prediction in AML Cell Lines
Molecular & cellular proteomics, 2020-05, Vol.19 (5), p.884
2020
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Mo1505: PERIPHERAL BLOOD DNA METHYLATION BIOMARKERS ACCURATELY PREDICT CLINICAL- AND ENDOSCOPIC RESPONSE TO VEDOLIZUMAB IN A REAL-LIFE COHORT OF CROHNS DISEASE PATIENTS
Gastroenterology (New York, N.Y. 1943), 2022-05, Vol.162 (7), p.S-794-S-794
2022
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Systematic Review and Meta-analysis of Peripheral Blood DNA Methylation Studies in Inflammatory Bowel Disease
Journal of Crohn's and colitis, 2023-03, Vol.17 (2), p.185-198
2023
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DNA methylation abundantly associates with fetal alcohol spectrum disorder and its subphenotypes
Epigenomics, 2019-05, Vol.11 (7), p.767
2019
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Abstract 4010: Identification of signaling pathways involved in colorectal adenoma-to-carcinoma progression using phosphoproteomics
Cancer research (Chicago, Ill.), 2018-07, Vol.78 (13_Supplement), p.4010-4010
2018
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Long-term Temporal Stability of Peripheral Blood DNA Methylation Profiles in Patients With Inflammatory Bowel DiseaseSummary
Cellular and molecular gastroenterology and hepatology, 2023-01, Vol.15 (4), p.869-885
2023
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