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Fast automated reconstruction of genome-scale metabolic models for microbial species and communities
Nucleic acids research, 2018-09, Vol.46 (15), p.7542
2018
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Metabolic dependencies drive species co-occurrence in diverse microbial communities
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2015-05, Vol.112 (20), p.6449-6454
2015
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Bioaccumulation of therapeutic drugs by human gut bacteria
Nature (London), 2021-09, Vol.597 (7877), p.533-538
2021
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Bioactivity assessment of natural compounds using machine learning models trained on target similarity between drugs
PLoS computational biology, 2022-04, Vol.18 (4), p.e1010029-e1010029
2022
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Yeast Creates a Niche for Symbiotic Lactic Acid Bacteria through Nitrogen Overflow
Cell systems, 2017-10, Vol.5 (4), p.345-357.e6
2017
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Polarization of microbial communities between competitive and cooperative metabolism
Nature ecology & evolution, 2021-02, Vol.5 (2), p.195
2021
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Predictive evolution of metabolic phenotypes using model‐designed environments
Molecular systems biology, 2022-10, Vol.18 (10), p.e10980-e10980
2022
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Impact of stoichiometry representation on simulation of genotype-phenotype relationships in metabolic networks
PLoS computational biology, 2012-11, Vol.8 (11), p.e1002758-e1002758
2012
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Yeast metabolic chassis designs for diverse biotechnological products
Scientific reports, 2016-07, Vol.6 (1), p.29694-29694, Article 29694
2016
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