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Comprehensive Classification and Diversity Assessment of Atomic Contacts in Protein–Small Ligand Interactions
Journal of chemical information and modeling, 2013-01, Vol.53 (1), p.241-248
2013
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Accidental interaction between PDZ domains and diclofenac revealed by NMR-assisted virtual screening
Molecules (Basel, Switzerland), 2013-08, Vol.18 (8), p.9567-9581
2013
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Exploring Ligand Binding Domain Dynamics in the NRs Superfamily
International journal of molecular sciences, 2022-08, Vol.23 (15), p.8732
2022
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CAVIAR: a method for automatic cavity detection, description and decomposition into subcavities
Journal of computer-aided molecular design, 2021-06, Vol.35 (6), p.737-750
2021
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Alignment-Free Ultra-High-Throughput Comparison of Druggable Protein−Ligand Binding Sites
Journal of chemical information and modeling, 2010-01, Vol.50 (1), p.123-135
2010
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Estimating the Similarity between Protein Pockets
International journal of molecular sciences, 2022-10, Vol.23 (20), p.12462
2022
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Using multiple microenvironments to find similar ligand-binding sites: application to kinase inhibitor binding
PLoS computational biology, 2011-12, Vol.7 (12), p.e1002326
2011
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Catalytic residues in hydrolases: analysis of methods designed for ligand-binding site prediction
Journal of computer-aided molecular design, 2011-02, Vol.25 (2), p.117-133
2011
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A Searchable Database for Comparing Protein−Ligand Binding Sites for the Analysis of Structure−Function Relationships
Journal of chemical information and modeling, 2006-03, Vol.46 (2), p.736-742
2006
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Protein Structure Similarity Clustering: Dynamic Treatment of PDB Structures Facilitates Clustering
Angewandte Chemie (International ed.), 2006-11, Vol.45 (46), p.7766-7770
2006
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