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Polarizable water model for the coarse-grained MARTINI force field
PLoS computational biology, 2010-06, Vol.6 (6), p.e1000810-e1000810
2010
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Prediction of protein binding regions in disordered proteins
PLoS computational biology, 2009-05, Vol.5 (5), p.e1000376-e1000376
2009
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BiP binding to the ER-stress sensor Ire1 tunes the homeostatic behavior of the unfolded protein response
PLoS biology, 2010-07, Vol.8 (7), p.e1000415-e1000415
2010
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Detailed simulations of cell biology with Smoldyn 2.1
PLoS computational biology, 2010-03, Vol.6 (3), p.e1000705-e1000705
2010
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How protein stability and new functions trade off
PLoS computational biology, 2008-02, Vol.4 (2), p.e1000002
2008
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Environments that induce synthetic microbial ecosystems
PLoS computational biology, 2010-11, Vol.6 (11), p.e1001002-e1001002
2010
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Computational fragment-based binding site identification by ligand competitive saturation
PLoS computational biology, 2009-07, Vol.5 (7), p.e1000435
2009
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Reactive oxygen species production by forward and reverse electron fluxes in the mitochondrial respiratory chain
PLoS computational biology, 2011-03, Vol.7 (3), p.e1001115-e1001115
2011
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Crystal Structure of a Yeast Aquaporin at 1.15 Å Reveals a Novel Gating Mechanism
PLoS biology, 2009-06, Vol.7 (6), p.e1000130
2009
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Triglyceride blisters in lipid bilayers: implications for lipid droplet biogenesis and the mobile lipid signal in cancer cell membranes
PloS one, 2010-09, Vol.5 (9), p.e12811-e12811
2010
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Ras conformational switching: simulating nucleotide-dependent conformational transitions with accelerated molecular dynamics
PLoS computational biology, 2009-03, Vol.5 (3), p.e1000325-e1000325
2009
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A mixture of "cheats" and "co-operators" can enable maximal group benefit
PLoS biology, 2010-09, Vol.8 (9), p.e1000486
2010
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Binding-induced folding of a natively unstructured transcription factor
PLoS computational biology, 2008-04, Vol.4 (4), p.e1000060-e1000060
2008
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SnugDock: paratope structural optimization during antibody-antigen docking compensates for errors in antibody homology models
PLoS computational biology, 2010-01, Vol.6 (1), p.e1000644-e1000644
2010
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A reaction-diffusion model of ROS-induced ROS release in a mitochondrial network
PLoS computational biology, 2010-01, Vol.6 (1), p.e1000657
2010
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APBSmem: a graphical interface for electrostatic calculations at the membrane
PloS one, 2010-09, Vol.5 (9), p.e12722
2010
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Coupling of a core post-translational pacemaker to a slave transcription/translation feedback loop in a circadian system
PLoS biology, 2010-06, Vol.8 (6), p.e1000394-e1000394
2010
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The distinct conformational dynamics of K-Ras and H-Ras A59G
PLoS computational biology, 2010-09, Vol.6 (9), p.e1000922
2010
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A ligand channel through the G protein coupled receptor opsin
PloS one, 2009-02, Vol.4 (2), p.e4382-e4382
2009
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Structural biology by NMR: structure, dynamics, and interactions
PLoS computational biology, 2008-09, Vol.4 (9), p.e1000168-e1000168
2008
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A hidden feedback in signaling cascades is revealed
PLoS computational biology, 2008-03, Vol.4 (3), p.e1000041-e1000041
2008
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Src kinase conformational activation: thermodynamics, pathways, and mechanisms
PLoS computational biology, 2008-03, Vol.4 (3), p.e1000047-e1000047
2008
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Modeling mitochondrial bioenergetics with integrated volume dynamics
PLoS computational biology, 2010-01, Vol.6 (1), p.e1000632-e1000632
2010
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A simple self-maintaining metabolic system: robustness, autocatalysis, bistability
PLoS computational biology, 2010-08, Vol.6 (8), p.e1000872-864
2010
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Chromophore protonation state controls photoswitching of the fluoroprotein asFP595
PLoS computational biology, 2008-03, Vol.4 (3), p.e1000034
2008
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