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GraphOmics: an interactive platform to explore and integrate multi-omics data
BMC bioinformatics, 2021-12, Vol.22 (1), p.603-603, Article 603
2021
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Topic modeling for untargeted substructure exploration in metabolomics
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2016-11, Vol.113 (48), p.13738-13743
2016
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MolNetEnhancer: Enhanced Molecular Networks by Integrating Metabolome Mining and Annotation Tools
Metabolites, 2019-07, Vol.9 (7), p.144
2019
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Deciphering complex metabolite mixtures by unsupervised and supervised substructure discovery and semi-automated annotation from MS/MS spectra
Faraday discussions, 2019-08, Vol.218, p.284-32
2019
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Ranking microbial metabolomic and genomic links in the NPLinker framework using complementary scoring functions
PLoS computational biology, 2021-05, Vol.17 (5), p.e1008920-e1008920
2021
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Unsupervised Discovery and Comparison of Structural Families Across Multiple Samples in Untargeted Metabolomics
Analytical chemistry (Washington), 2017-07, Vol.89 (14), p.7569-7577
2017
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R package for statistical inference in dynamical systems using kernel based gradient matching: KGode
Computational statistics, 2021-03, Vol.36 (1), p.715-747
2021
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Ranking Metabolite Sets by Their Activity Levels
Metabolites, 2021-02, Vol.11 (2), p.103
2021
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Simulated-to-real benchmarking of acquisition methods in untargeted metabolomics
Frontiers in molecular biosciences, 2023-03, Vol.10, p.1130781-1130781
2023
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In Silico Optimization of Mass Spectrometry Fragmentation Strategies in Metabolomics
Metabolites, 2019-10, Vol.9 (10), p.219
2019
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TopNEXt: automatic DDA exclusion framework for multi-sample mass spectrometry experiments
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-07, Vol.39 (7)
2023
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PiMP my metabolome: an integrated, web-based tool for LC-MS metabolomics data
Bioinformatics (Oxford, England), 2017-12, Vol.33 (24), p.4007-4009
2017
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Ms2lda.org: web-based topic modelling for substructure discovery in mass spectrometry
Bioinformatics, 2018-01, Vol.34 (2), p.317-318
2018
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Rapid Development of Improved Data-Dependent Acquisition Strategies
Analytical chemistry (Washington), 2021-04, Vol.93 (14), p.5676-5683
2021
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Incorporating peak grouping information for alignment of multiple liquid chromatography-mass spectrometry datasets
Bioinformatics (Oxford, England), 2015-06, Vol.31 (12), p.1999-2006
2015
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MetAssign: probabilistic annotation of metabolites from LC-MS data using a Bayesian clustering approach
Bioinformatics (Oxford, England), 2014-10, Vol.30 (19), p.2764-2771
2014
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ShinyKGode: an interactive application for ODE parameter inference using gradient matching
Bioinformatics, 2018-07, Vol.34 (13), p.2314-2315
2018
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ViMMS 2.0: A framework to develop, test and optimise fragmentation strategies in LC-MS metabolomics
Journal of open source software, 2022-03, Vol.7 (71), p.3990
2022
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Unsupervised bayesian explorations of mass spectrometry data
2017
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