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The identification and functional annotation of RNA structures conserved in vertebrates
Genome research, 2017-08, Vol.27 (8), p.1371-1383
2017
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Multiple structural alignment and clustering of RNA sequences
Bioinformatics, 2007-04, Vol.23 (8), p.926-932
2007
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Fast pairwise structural RNA alignments by pruning of the dynamical programming matrix
PLoS computational biology, 2007-10, Vol.3 (10), p.1896-1908
2007
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Thousands of corresponding human and mouse genomic regions unalignable in primary sequence contain common RNA structure
Genome Research, 2006-07, Vol.16 (7), p.885-889
2006
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The Genome of Sulfolobus acidocaldarius, a Model Organism of the Crenarchaeota
Journal of Bacteriology, 2005-07, Vol.187 (14), p.4992-4999
2005
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De novo prediction of structured RNAs from genomic sequences
Trends in biotechnology (Regular ed.), 2010-01, Vol.28 (1), p.9-19
2010
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Structural profiles of human miRNA families from pairwise clustering
Bioinformatics, 2009-02, Vol.25 (3), p.291-294
2009
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Divergent transcriptional and translational signals in Archaea
Environmental microbiology, 2005-01, Vol.7 (1), p.47-54
2005
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Comparative genomics beyond sequence-based alignments: RNA structures in the ENCODE regions
Genome Research, 2008-02, Vol.18 (2), p.242-251
2008
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Multiperm: shuffling multiple sequence alignments while approximately preserving dinucleotide frequencies
Bioinformatics, 2009-03, Vol.25 (5), p.668-669
2009
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Semiautomated improvement of RNA alignments
RNA (Cambridge), 2007-11, Vol.13 (11), p.1850-1859
2007
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WAR: Webserver for aligning structural RNAs
Nucleic acids research, 2008-07, Vol.36 (Web Server issue), p.W79-W84
2008
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Genome browsers
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2011, Vol.703, p.53
2011
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novo prediction of structured RNAs from genomic sequences
Trends in biotechnology (Regular ed.), 2010, Vol.28 (1), p.9-19
2010
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Fast Pairwise Structural RNA Alignments by Pruning of the Dynamical Programming Matrix
PLoS computational biology, 2005, Vol.preprint (2007), p.e193
2005
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