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Ancestral Reconstruction
PLoS computational biology, 2016-07, Vol.12 (7), p.e1004763-e1004763
2016
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Datamonkey 2010: a suite of phylogenetic analysis tools for evolutionary biology
Bioinformatics, 2010-10, Vol.26 (19), p.2455-2457
2010
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Network science inspires novel tree shape statistics
PloS one, 2021-12, Vol.16 (12), p.e0259877-e0259877
2021
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Using networks to analyze and visualize the distribution of overlapping genes in virus genomes
PLoS pathogens, 2022-02, Vol.18 (2), p.e1010331-e1010331
2022
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Optimized phylogenetic clustering of HIV-1 sequence data for public health applications
PLoS computational biology, 2022-11, Vol.18 (11), p.e1010745-e1010745
2022
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Molecular source attribution
PLoS computational biology, 2022-11, Vol.18 (11), p.e1010649-e1010649
2022
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HyPhy 2.5—A Customizable Platform for Evolutionary Hypothesis Testing Using Phylogenies
Molecular biology and evolution, 2020-01, Vol.37 (1), p.295-299
2020
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A model-based clustering method to detect infectious disease transmission outbreaks from sequence variation
PLoS computational biology, 2017-11, Vol.13 (11), p.e1005868-e1005868
2017
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Phylodynamic Inference with Kernel ABC and Its Application to HIV Epidemiology
Molecular biology and evolution, 2015-09, Vol.32 (9), p.2483-2495
2015
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An evolutionary model-based algorithm for accurate phylogenetic breakpoint mapping and subtype prediction in HIV-1
PLoS computational biology, 2009-11, Vol.5 (11), p.e1000581-e1000581
2009
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Detecting Amino Acid Coevolution with Bayesian Graphical Models
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2019-01, Vol.1851, p.105
2019
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Genomic epidemiology of the first two waves of SARS-CoV-2 in Canada
eLife, 2022-08, Vol.11
2022
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Impacts and shortcomings of genetic clustering methods for infectious disease outbreaks
Virus evolution, 2016-07, Vol.2 (2), p.vew031-vew031
2016
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An open-source k-mer based machine learning tool for fast and accurate subtyping of HIV-1 genomes
PloS one, 2018-11, Vol.13 (11), p.e0206409
2018
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Reconstructing the dynamics of HIV evolution within hosts from serial deep sequence data
PLoS computational biology, 2012-11, Vol.8 (11), p.e1002753-e1002753
2012
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Phylogenetic Reconstruction and Functional Characterization of the Ancestral Nef Protein of Primate Lentiviruses
Molecular biology and evolution, 2023-08, Vol.40 (8)
2023
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Mapping the shapes of phylogenetic trees from human and zoonotic RNA viruses
PloS one, 2013-11, Vol.8 (11), p.e78122-e78122
2013
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An evolutionary-network model reveals stratified interactions in the V3 loop of the HIV-1 envelope
PLoS computational biology, 2007-11, Vol.3 (11), p.e231-e231
2007
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Near real-time monitoring of HIV transmission hotspots from routine HIV genotyping: an implementation case study
The lancet HIV, 2016-05, Vol.3 (5), p.e231-e238
2016
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Traversing missing links in the spread of HIV
eLife, 2022-09, Vol.11
2022
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Phylogenetic approach to recover integration dates of latent HIV sequences within-host
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2018-09, Vol.115 (38), p.E8958-E8967
2018
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Comparative analysis of HIV sequences in real time for public health
Current opinion in HIV & AIDS, 2019-05, Vol.14 (3), p.213
2019
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Genetic Cluster Analysis for HIV Prevention
Current HIV/AIDS reports, 2018-04, Vol.15 (2), p.182-189
2018
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From components to communities: bringing network science to clustering for molecular epidemiology
Virus evolution, 2023, Vol.9 (1), p.vead026-vead026
2023
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Promises and pitfalls of Illumina sequencing for HIV resistance genotyping
Virus research, 2017-07, Vol.239, p.97-105
2017
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