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Scalable long read self-correction and assembly polishing with multiple sequence alignment
Scientific reports, 2021-01, Vol.11 (1), p.761-13, Article 761
2021
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Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges
Nature methods, 2022-04, Vol.19 (4), p.429-440
2022
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STRONG: metagenomics strain resolution on assembly graphs
Genome Biology, 2021-07, Vol.22 (1), p.214-214, Article 214
2021
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Automated evaluation of multiple sequence alignment methods to handle third generation sequencing errors
PeerJ (San Francisco, CA), 2024-09, Vol.12, p.e17731, Article e17731
2024
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Scalable sequence database search using partitioned aggregated Bloom comb trees
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-06, Vol.39 (Supplement_1), p.i252-i259
2023
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Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
Bioinformatics, 2016-06, Vol.32 (12), p.i201-i208
2016
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Locality-preserving minimal perfect hashing of k-mers
Bioinformatics (Oxford, England), 2023-06, Vol.39 (Supplement_1), p.i534-i543
2023
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BLight: efficient exact associative structure for k-mers
Bioinformatics (Oxford, England), 2021-09, Vol.37 (18), p.2858-2865
2021
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Conway-Bromage-Lyndon (CBL): an exact, dynamic representation of k-mer sets
Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (Supplement_1), p.i48-i57
2024
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Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
Bioinformatics, 2020-03, Vol.36 (5), p.1374-1381
2020
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Read mapping on de Bruijn graphs
BMC bioinformatics, 2016-06, Vol.17 (1), p.237-237, Article 237
2016
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A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics
Discrete Applied Mathematics, 2020-03, Vol.274 (Volume 274), p.92-102
2020
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Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
Bioinformatics, 2020-01, Vol.36 (2), p.651-651
2020
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On the representation of de Bruijn graphs
Journal of computational biology, 2015-05, Vol.22 (5), p.336-352
2015
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ELECTOR: evaluator for long reads correction methods
NAR genomics and bioinformatics, 2020-03, Vol.2 (1)
2020
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Chromosome-level genome assembly reveals homologous chromosomes and recombination in asexual rotifer Adineta vaga
Science advances, 2021-10, Vol.7 (41), p.eabg4216-eabg4216
2021
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On the Representation of de Bruijn Graphs
Research in Computational Molecular Biology, p.35-55
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