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LNCipedia: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Nucleic acids research, 2013-01, Vol.41 (Database issue), p.D246
2013
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Improved visualization of protein consensus sequences by iceLogo
Nature methods, 2009-11, Vol.6 (11), p.786-787
2009
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Proteomics Analyses Reveal the Evolutionary Conservation and Divergence of N-Terminal Acetyltransferases from Yeast and Humans
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2009-05, Vol.106 (20), p.8157-8162
2009
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compomics-utilities: an open-source Java library for computational proteomics
BMC bioinformatics, 2011-03, Vol.12 (1), p.70-70, Article 70
2011
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NatF contributes to an evolutionary shift in protein N-terminal acetylation and is important for normal chromosome segregation
PLoS genetics, 2011-07, Vol.7 (7), p.e1002169-e1002169
2011
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Complementary positional proteomics for screening substrates of endo- and exoproteases
Nature methods, 2010-07, Vol.7 (7), p.512
2010
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TraML—A Standard Format for Exchange of Selected Reaction Monitoring Transition Lists
Molecular & cellular proteomics, 2012-04, Vol.11 (4), p.R111.015040, Article R111.015040
2012
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In Vitro and in Vivo Protein-bound Tyrosine Nitration Characterized by Diagonal Chromatography
Molecular & cellular proteomics, 2009-12, Vol.8 (12), p.2642-2652
2009
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MS-driven protease substrate degradomics
Proteomics (Weinheim), 2010-03, Vol.10 (6), p.1284-1296
2010
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Peptizer, a Tool for Assessing False Positive Peptide Identifications and Manually Validating Selected Results
Molecular & cellular proteomics, 2008-12, Vol.7 (12), p.2364-2372
2008
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A Quantitative Proteomics Design for Systematic Identification of Protease Cleavage Events
Molecular & cellular proteomics, 2010-10, Vol.9 (10), p.2327-2333
2010
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Proteome-wide Substrate Analysis Indicates Substrate Exclusion as a Mechanism to Generate Caspase-7 Versus Caspase-3 Specificity
Molecular & cellular proteomics, 2009-12, Vol.8 (12), p.2700-2714
2009
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jTraML: An Open Source Java API for TraML, the PSI Standard for Sharing SRM Transitions
Journal of proteome research, 2011-11, Vol.10 (11), p.5260-5263
2011
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Analysis of the Resolution Limitations of Peptide Identification Algorithms
Journal of proteome research, 2011-12, Vol.10 (12), p.5555-5561
2011
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Improved recovery of proteome-informative, protein N-terminal peptides by combined fractional diagonal chromatography (COFRADIC)
Proteomics (Weinheim), 2008-04, Vol.8 (7), p.1362-1370
2008
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Enabling computational proteomics by public and local data management systems
Circulation. Cardiovascular genetics, 2012-04, Vol.5 (2), p.266
2012
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Probing the Efficiency of Proteolytic Events by Positional Proteomics
Molecular & cellular proteomics, 2011-02, Vol.10 (2), p.S1-S10
2011
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Bioinformatics Analysis of a Saccharomyces cerevisiae N-Terminal Proteome Provides Evidence of Alternative Translation Initiation and Post-Translational N-Terminal Acetylation
Journal of proteome research, 2011-08, Vol.10 (8), p.3578-3589
2011
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thermo-msf-parser: An Open Source Java Library to Parse and Visualize Thermo Proteome Discoverer msf Files
Journal of proteome research, 2011-08, Vol.10 (8), p.3840-3843
2011
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ms_lims, a simple yet powerful open source laboratory information management system for MS-driven proteomics
Proteomics (Weinheim), 2010-03, Vol.10 (6), p.1261-1264
2010
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Rover: A tool to visualize and validate quantitative proteomics data from different sources
Proteomics (Weinheim), 2010-03, Vol.10 (6), p.1226-1229
2010
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Sigpep: Calculating unique peptide signature transition sets in a complete proteome background
Proteomics (Weinheim), 2012-04, Vol.12 (8), p.1142-1146
2012
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Fully automated and sensitive detection of EGFR exon 18, 19, 20 and 21 mutational status in <2.5 hrs from a single FFPE slice
Journal of clinical oncology, 2017-05, Vol.35 (15_suppl), p.e20519-e20519
2017
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la carte proteomics with an emphasis on gel-free techniques
Proteomics (Weinheim), 2007-08, Vol.7 (16), p.2698-2718
2007
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The Online Protein Processing Resource (TOPPR): a database and analysis platform for protein processing events
Nucleic acids research, 2013-01, Vol.41 (Database issue), p.D333
2013
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