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Genome-scale metabolic reconstruction of the symbiosis between a leguminous plant and a nitrogen-fixing bacterium
Nature communications, 2020-05, Vol.11 (1), p.2574-2574, Article 2574
2020
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Diauxie and co-utilization of carbon sources can coexist during bacterial growth in nutritionally complex environments
Nature communications, 2020-06, Vol.11 (1), p.3135-3135, Article 3135
2020
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Metabolic modelling reveals the specialization of secondary replicons for niche adaptation in Sinorhizobium meliloti
Nature communications, 2016-07, Vol.7 (1), p.12219-12219, Article 12219
2016
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horizontal flow of the plasmid resistome: clues from inter-generic similarity networks
Environmental microbiology, 2010-12, Vol.12 (12), p.3228-3242
2010
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Crossing Bacterial Genomic Features and Methylation Patterns with MeStudio: An Epigenomic Analysis Tool
International journal of molecular sciences, 2022-12, Vol.24 (1), p.159
2022
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A horizontal gene transfer at the origin of phenylpropanoid metabolism: a key adaptation of plants to land
Biology direct, 2009-02, Vol.4 (1), p.7-7, Article 7
2009
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Perspectives and Challenges in Microbial Communities Metabolic Modeling
Frontiers in genetics, 2017, Vol.8, p.88-88
2017
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Constraint-based modeling identifies new putative targets to fight colistin-resistant A. baumannii infections
Scientific reports, 2017-06, Vol.7 (1), p.3706-12, Article 3706
2017
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Robustness encoded across essential and accessory replicons of the ecologically versatile bacterium Sinorhizobium meliloti
PLoS genetics, 2018-04, Vol.14 (4), p.e1007357-e1007357
2018
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COVID-19: A complex disease with a unique metabolic signature
PLoS pathogens, 2023-11, Vol.19 (11), p.e1011787-e1011787
2023
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Ecology of cold environments: new insights of bacterial metabolic adaptation through an integrated genomic-phenomic approach
Scientific reports, 2017-04, Vol.7 (1), p.839-13, Article 839
2017
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The diversity and evolution of cell cycle regulation in alpha-proteobacteria: a comparative genomic analysis
BMC systems biology, 2010-04, Vol.4 (1), p.52-52, Article 52
2010
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Understanding Antimicrobial Resistance Using Genome-Scale Metabolic Modeling
Antibiotics (Basel), 2023-05, Vol.12 (5), p.896
2023
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"Every Gene Is Everywhere but the Environment Selects": Global Geolocalization of Gene Sharing in Environmental Samples through Network Analysis
Genome biology and evolution, 2016-05, Vol.8 (5), p.1388-1400
2016
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Exploring the evolutionary dynamics of plasmids: the Acinetobacter pan-plasmidome
BMC evolutionary biology, 2010-02, Vol.10, p.59
2010
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Acquisition and evolution of SXT-R391 integrative conjugative elements in the seventh-pandemic Vibrio cholerae lineage
mBio, 2014-08, Vol.5 (4)
2014
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Origin and evolution of operons and metabolic pathways
Research in microbiology, 2009-09, Vol.160 (7), p.502-512
2009
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Modelling the Kinetic Response to Nutrient Fluctuations
Trends in microbiology (Regular ed.), 2018-01, Vol.26 (1), p.4-5
2018
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Subfunctionalization influences the expansion of bacterial multidrug antibiotic resistance
BMC genomics, 2017-10, Vol.18 (1), p.834-834, Article 834
2017
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Genome-Scale Metabolic Modelling of Lifestyle Changes in Rhizobium leguminosarum
mSystems, 2022-02, Vol.7 (1), p.e0097521-e0097521
2022
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Deciphering the role of RND efflux transporters in Burkholderia cenocepacia
PloS one, 2011-04, Vol.6 (4), p.e18902
2011
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Metabolic Robustness to Growth Temperature of a Cold- Adapted Marine Bacterium
mSystems, 2023-04, Vol.8 (2), p.e0112422-e0112422
2023
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The mosaicism of plasmids revealed by atypical genes detection and analysis
BMC genomics, 2011-08, Vol.12 (1), p.403-403, Article 403
2011
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Diversity and Horizontal Transfer of Antarctic Pseudomonas spp. Plasmids
Genes, 2019-10, Vol.10 (11), p.850
2019
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A Method for the Structure-Based, Genome-Wide Analysis of Bacterial Intergenic Sequences Identifies Shared Compositional and Functional Features
Genes, 2019-10, Vol.10 (10), p.834
2019
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