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Predicting DNA structure using a deep learning method
Nature communications, 2024-02, Vol.15 (1), p.1243-1243, Article 1243
2024
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ChEC-seq kinetics discriminates transcription factor binding sites by DNA sequence and shape in vivo
Nature communications, 2015-10, Vol.6 (1), p.8733-8733, Article 8733
2015
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Genome information processing by the INO80 chromatin remodeler positions nucleosomes
Nature communications, 2021-05, Vol.12 (1), p.3231-3231, Article 3231
2021
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The role of DNA shape in protein-DNA recognition
Nature (London), 2009-10, Vol.461 (7268), p.1248-1253
2009
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Humanizing the yeast origin recognition complex
Nature communications, 2021-01, Vol.12 (1), p.33-33, Article 33
2021
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Quantitative modeling of transcription factor binding specificities using DNA shape
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2015-04, Vol.112 (15), p.4654-4659
2015
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Probing DNA shape and methylation state on a genomic scale with DNase I
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2013-04, Vol.110 (16), p.6376-6381
2013
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Sequences flanking the core-binding site modulate glucocorticoid receptor structure and activity
Nature communications, 2016-09, Vol.7 (1), p.12621-12621, Article 12621
2016
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Correspondence: Reply to ‘DNA shape is insufficient to explain binding’
Nature communications, 2017-06, Vol.8 (1), p.15644-15644, Article 15644
2017
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Physicochemical models of protein-DNA binding with standard and modified base pairs
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2023-01, Vol.120 (4), p.e2205796120-e2205796120
2023
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Biophysics: Flipping Watson and Crick
Nature (London), 2011-02, Vol.470 (7335), p.472-473
2011
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Epigenetic competition reveals density-dependent regulation and target site plasticity of phosphorothioate epigenetics in bacteria
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2020-06, Vol.117 (25), p.14322-14330
2020
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Epigenetic stress responses induce muscle stem-cell ageing by Hoxa9 developmental signals
Nature (London), 2016-12, Vol.540 (7633), p.428-432
2016
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Mechanistic insights into metal ion activation and operator recognition by the ferric uptake regulator
Nature communications, 2015-07, Vol.6 (1), p.7642, Article 7642
2015
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Regulatory encoding of quantitative variation in spatial activity of a Drosophila enhancer
Science advances, 2020-12, Vol.6 (49)
2020
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