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Challenges in proteogenomics: a comparison of analysis methods with the case study of the DREAM proteogenomics sub-challenge
BMC bioinformatics, 2019-12, Vol.20 (Suppl 24), p.669-669, Article 669
2019
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Self-organizing maps with variable neighborhoods facilitate learning of chromatin accessibility signal shapes associated with regulatory elements
BMC bioinformatics, 2021-01, Vol.22 (1), p.35-35, Article 35
2021
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Single-Cell Co-expression Analysis Reveals Distinct Functional Modules, Co-regulation Mechanisms and Clinical Outcomes
PLoS computational biology, 2016-04, Vol.12 (4), p.e1004892-e1004892
2016
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An integrative analysis of regional gene expression profiles in the human brain
Methods (San Diego, Calif.), 2015-02, Vol.73, p.54-70
2015
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Integrative cancer patient stratification via subspace merging
Bioinformatics, 2019-05, Vol.35 (10), p.1653-1659
2019
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Breast cancer patient stratification using a molecular regularized consensus clustering method
Methods (San Diego, Calif.), 2014-06, Vol.67 (3), p.304-312
2014
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Identification of recurrent combinatorial patterns of chromatin modifications at promoters across various tissue types
BMC bioinformatics, 2016-12, Vol.17 (Suppl 17), p.534-534, Article 534
2016
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iGPSe: a visual analytic system for integrative genomic based cancer patient stratification
BMC bioinformatics, 2014-07, Vol.15 (1), p.203-203, Article 203
2014
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annoPeak: a web application to annotate and visualize peaks from ChIP-seq/ChIP-exo-seq
Bioinformatics, 2018-08, Vol.34 (16), p.2879-2879
2018
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PTR Explorer: An approach to identify and explore Post Transcriptional Regulatory mechanisms using proteogenomics
Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing, 2020, Vol.25, p.475
2020
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A signal processing approach for enriched region detection in RNA polymerase II ChIP-seq data
BMC bioinformatics, 2012-03, Vol.13 Suppl 2 (Suppl 2), p.S2-S2, Article S2
2012
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Robust detection and visualization of cytoskeletal structures in fibrillar scaffolds from 3-dimensional confocal image
2013 IEEE Symposium on Biological Data Visualization (BioVis), 2013, p.25-32
2013
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