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Improved inference of intermolecular contacts through protein-protein interaction prediction using coevolutionary analysis
Bioinformatics (Oxford, England), 2019-06, Vol.35 (12), p.2036-2042
2019
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TriPoly: haplotype estimation for polyploids using sequencing data of related individuals
Bioinformatics, 2018-11, Vol.34 (22), p.3864-3872
2018
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Correcting palindromes in long reads after whole-genome amplification
BMC genomics, 2018-11, Vol.19 (1), p.798-798, Article 798
2018
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Genome‐wide characterization of Phytophthora infestans metabolism: a systems biology approach
Molecular plant pathology, 2018-06, Vol.19 (6), p.1403-1413
2018
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A survey of functional genomic variation in domesticated chickens
Genetics selection evolution (Paris), 2018-04, Vol.50 (1), p.17-17, Article 17
2018
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Computational pan-genomics: status, promises and challenges
Briefings in bioinformatics, 2018-01, Vol.19 (1), p.118-135
2018
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Sequence features of viral and human Internal Ribosome Entry Sites predictive of their activity
PLoS computational biology, 2017-09, Vol.13 (9), p.e1005734-e1005734
2017
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AraQTL – workbench and archive for systems genetics in Arabidopsis thaliana
The Plant journal : for cell and molecular biology, 2017-03, Vol.89 (6), p.1225-1235
2017
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Dysregulated signaling, proliferation and apoptosis impact on the pathogenesis of TCRγδ+ T cell large granular lymphocyte leukemia
PloS one, 2017, Vol.12 (4), p.e0175670-e0175670
2017
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Selected proceedings of Machine Learning in Systems Biology: MLSB 2016
BMC bioinformatics, 2016-12, Vol.17 (Suppl 16), p.437-437, Article 437
2016
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The PLETHORA Gene Regulatory Network Guides Growth and Cell Differentiation in Arabidopsis Roots
The Plant cell, 2016-12, Vol.28 (12), p.2937-2951
2016
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PanTools: representation, storage and exploration of pan-genomic data
Bioinformatics (Oxford, England), 2016-09, Vol.32 (17), p.i487-i493
2016
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CyLineUp: A Cytoscape app for visualizing data in network small multiples [version 1; peer review: 2 approved]
F1000 research, 2016, Vol.5, p.635-635
2016
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Cnidaria: fast, reference-free clustering of raw and assembled genome and transcriptome NGS data
BMC bioinformatics, 2015-11, Vol.16 (352), p.352-352, Article 352
2015
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ACE: accurate correction of errors using K-mer tries
Bioinformatics, 2015-10, Vol.31 (19), p.3216-3218
2015
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Making the difference: integrating structural variation detection tools
Briefings in bioinformatics, 2015-09, Vol.16 (5), p.852-864
2015
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Circulating Human CD27-IgA+ Memory B Cells Recognize Bacteria with Polyreactive Igs
The Journal of immunology (1950), 2015-08, Vol.195 (4), p.1417-1426
2015
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Single-molecule protein sequencing through fingerprinting: computational assessment
Physical biology, 2015-08, Vol.12 (5), p.055003-055003
2015
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Unbiased Quantitative Models of Protein Translation Derived from Ribosome Profiling Data
PLoS computational biology, 2015-08, Vol.11 (8), p.e1004336-e1004336
2015
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The Genome of Winter Moth (Operophtera brumata) Provides a Genomic Perspective on Sexual Dimorphism and Phenology
Genome biology and evolution, 2015-07, Vol.7 (8), p.2321-2332
2015
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Insight into neutral and disease-associated human genetic variants through interpretable predictors
PloS one, 2015-03, Vol.10 (3), p.e0120729-e0120729
2015
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