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Finding low-conductance sets with dense interactions (FLCD) for better protein complex prediction
BMC systems biology, 2017-03, Vol.11 (Suppl 3), p.22-22, Article 22
2017
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FlexFlux: combining metabolic flux and regulatory network analyses
BMC systems biology, 2015-12, Vol.9 (1), p.93-93, Article 93
2015
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COBRApy: COnstraints-Based Reconstruction and Analysis for Python
BMC systems biology, 2013-08, Vol.7 (1), p.74-74, Article 74
2013
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Parameter estimation of qualitative biological regulatory networks on high performance computing hardware
BMC systems biology, 2018-12, Vol.12 (1), p.146-146, Article 146
2018
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The systems biology simulation core algorithm
BMC systems biology, 2013-07, Vol.7 (1), p.55-55, Article 55
2013
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A fast and accurate algorithm for single individual haplotyping
BMC systems biology, 2012-12, Vol.6 Suppl 2 (Suppl 2), p.S8-S8
2012
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A computational platform to maintain and migrate manual functional annotations for BioCyc databases
BMC systems biology, 2014-10, Vol.8 (1), p.115-115, Article 115
2014
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TimeXNet: identifying active gene sub-networks using time-course gene expression profiles
BMC systems biology, 2014, Vol.8 Suppl 4 (Suppl 4), p.S2-S2
2014
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VANTED v2: a framework for systems biology applications
BMC systems biology, 2012-11, Vol.6 (1), p.139-139
2012
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MEMOSys: Bioinformatics platform for genome-scale metabolic models
BMC systems biology, 2011-01, Vol.5 (21), p.20-20, Article 20
2011
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PathNER: a tool for systematic identification of biological pathway mentions in the literature
BMC systems biology, 2013-10, Vol.7 Suppl 3 (S3), p.S2-S2, Article S2
2013
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BiNoM 2.0, a Cytoscape plugin for accessing and analyzing pathways using standard systems biology formats
BMC systems biology, 2013-03, Vol.7 (1), p.18-18, Article 18
2013
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  • BibTeX
Identification of key player genes in gene regulatory networks
BMC systems biology, 2016-09, Vol.10 (1), p.88-88, Article 88
2016
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BiologicalNetworks--tools enabling the integration of multi-scale data for the host-pathogen studies
BMC systems biology, 2011-01, Vol.5 (7), p.7-7, Article 7
2011
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SBML qualitative models: a model representation format and infrastructure to foster interactions between qualitative modelling formalisms and tools
BMC systems biology, 2013-12, Vol.7 (1), p.135-135
2013
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Multistate Model Builder (MSMB): a flexible editor for compact biochemical models
BMC systems biology, 2014-04, Vol.8 (1), p.42-42
2014
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OptFlux: an open-source software platform for in silico metabolic engineering
BMC systems biology, 2010-04, Vol.4 (1), p.45-45, Article 45
2010
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  • BibTeX
Integration of metabolic databases for the reconstruction of genome-scale metabolic networks
BMC systems biology, 2010-08, Vol.4 (1), p.114-114, Article 114
2010
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MIRIAM Resources: tools to generate and resolve robust cross-references in Systems Biology
BMC systems biology, 2007-12, Vol.1 (1), p.58-58, Article 58
2007
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Precise generation of systems biology models from KEGG pathways
BMC systems biology, 2013-02, Vol.7 (1), p.15-15
2013
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Condor-COPASI: high-throughput computing for biochemical networks
BMC systems biology, 2012-07, Vol.6 (1), p.91-91, Article 91
2012
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STATegra EMS: an Experiment Management System for complex next-generation omics experiments
BMC systems biology, 2014, Vol.8 Suppl 2 (S2), p.S9-S9, Article S9
2014
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CBFA: phenotype prediction integrating metabolic models with constraints derived from experimental data
BMC systems biology, 2014-12, Vol.8 (1), p.123-123, Article 123
2014
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Accelerated parallel algorithm for gene network reverse engineering
BMC systems biology, 2017-09, Vol.11 (Suppl 4), p.83-83, Article 83
2017
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Reproducible computational biology experiments with SED-ML--the Simulation Experiment Description Markup Language
BMC systems biology, 2011-12, Vol.5 (200), p.198-198, Article 198
2011
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