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Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP)

Nature methods, 2016-06, Vol.13 (6), p.508

2016

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ProNA2020 predicts protein–DNA, protein–RNA, and protein–protein binding proteins and residues from sequence

Journal of molecular biology, 2020-03, Vol.432 (7), p.2428-2443

2020

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Plasma Levels of Fatty Acid-Binding Protein 4, Retinol-Binding Protein 4, High-Molecular-Weight Adiponectin, and Cardiovascular Mortality Among Men With Type 2 Diabetes: A 22-Year Prospective Study

Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 2016-11, Vol.36 (11), p.2259

2016

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Assessing the performance of the MM/PBSA and MM/GBSA methods. 6. Capability to predict protein-protein binding free energies and re-rank binding poses generated by protein-protein docking

Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2016, Vol.18 (32), p.22129-22139

2016

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RNA-binding proteins with prion-like domains in health and disease

Biochemical journal, 2017-04, Vol.474 (8), p.1417-1438

2017

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Developmental Functions of miR156-Regulated SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN-LIKE (SPL) Genes in Arabidopsis thaliana

PLoS genetics, 2016-08, Vol.12 (8), p.e1006263-e1006263

2016

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Selectivity determinants of GPCR-G-protein binding

Nature (London), 2017-05, Vol.545 (7654), p.317-322

2017

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Computational prediction of protein–protein binding affinities

Wiley interdisciplinary reviews. Computational molecular science, 2020-05, Vol.10 (3), p.e1448-n/a

2020

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Ythdc2 is an N^6-methyladenosine binding protein that regulates mammalian spermatogenesis

Cell research, 2017-09, Vol.27 (9), p.1115-1127

2017

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Protein-protein binding supersites

PLoS computational biology, 2019-01, Vol.15 (1), p.e1006704-e1006704

2019

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Phase separation by ssDNA binding protein controlled via protein–protein and protein–DNA interactions

Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2020-10, Vol.117 (42), p.26206-26217

2020

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SKEMPI 2.0: an updated benchmark of changes in protein–protein binding energy, kinetics and thermodynamics upon mutation

Bioinformatics, 2019-02, Vol.35 (3), p.462-469

2019

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Structure-Based Design of Inhibitors of Protein-Protein Interactions: Mimicking Peptide Binding Epitopes

Angewandte Chemie (International ed.), 2015-07, Vol.54 (31), p.8896-8927

International ed. in English, 2015

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Developmentally Regulated RNA-binding Protein 1 (Drb1)/RNA-binding Motif Protein 45 (RBM45), a Nuclear-Cytoplasmic Trafficking Protein, Forms TAR DNA-binding Protein 43 (TDP-43)-mediated Cytoplasmic Aggregates

The Journal of biological chemistry, 2016-07, Vol.291 (29), p.14996-15007

2016

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Interactions Between β-Catenin and Transforming Growth Factor-β Signaling Pathways Mediate Epithelial-Mesenchymal Transition and Are Dependent on the Transcriptional Co-activator cAMP-response Element-binding Protein (CREB)-binding Protein (CBP)

The Journal of biological chemistry, 2012-03, Vol.287 (10), p.7026-7038

2012

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The insulin-like growth factor binding protein-microfibrillar associated protein-sterol regulatory element binding protein axis regulates fibroblast-myofibroblast transition and cardiac fibrosis

British journal of pharmacology, 2024-04

2024

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Protein Binding: Do We Ever Learn?

Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2011-07, Vol.55 (7), p.3067-3074

2011

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Myosin-binding protein H-like regulates myosin-binding protein distribution and function in atrial cardiomyocytes

Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2023-12, Vol.120 (51), p.e2314920120

2023

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Convolutional neural network architectures for predicting DNA-protein binding

Bioinformatics, 2016-06, Vol.32 (12), p.i121-i127

2016

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Flex ddG: Rosetta Ensemble-Based Estimation of Changes in Protein–Protein Binding Affinity upon Mutation

The journal of physical chemistry. B, 2018-05, Vol.122 (21), p.5389-5399

2018

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Protein-DNA binding: complexities and multi-protein codes

Nucleic acids research, 2014-02, Vol.42 (4), p.2099

2014

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SQUAMOSA Promoter Binding Protein-Like7 Is a Central Regulator for Copper Homeostasis in Arabidopsis

The Plant cell, 2009-01, Vol.21 (1), p.347-361

2009

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Alternative binding proteins: Affibody binding proteins developed from a small three-helix bundle scaffold

The FEBS journal, 2008-06, Vol.275 (11), p.2668-2676

Nygren, Per-Åke

2008

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BeAtMuSiC: Prediction of changes in protein-protein binding affinity on mutations

Nucleic acids research, 2013-07, Vol.41 (Web Server issue), p.W333

2013

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