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Quaternion-based definition of protein secondary structure straightness and its relationship to Ramachandran angles
Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2011-07, Vol.79 (7), p.2172-2180
Hanson, Robert M.
Kohler, Daniel
Braun, Steven G.
2011
Volltextzugriff (PDF)
Details
Autor(en) / Beteiligte
Hanson, Robert M.
Kohler, Daniel
Braun, Steven G.
Titel
Quaternion-based definition of protein secondary structure straightness and its relationship to Ramachandran angles
Ist Teil von
Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2011-07, Vol.79 (7), p.2172-2180
Ort / Verlag
Hoboken: Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company
Erscheinungsjahr
2011
Quelle
MEDLINE
Beschreibungen/Notizen
We describe here definitions of “local helical axis” and “straightness” that are developed using a simple quaternion‐based analysis of protein structure without resort to least‐squares fitting. As part of this analysis, it is shown how quaternion differences can be visualized to depict accurately the local helical axis relating any two adjacent amino acid residues in standard, nonidealized proteins. Three different options for the definition of amino acid residue orientation in terms of quaternion frames are described. Two of these, the “Cα frame” and the “P frame,” are shown to be correlated strongly with a simple approximate measure derived solely from Ramachandran angles. The relationship between quaternion‐based straightness and recognized DSSP‐derived secondary structure motifs is discussed. Proteins 2011; © 2011 Wiley‐Liss, Inc.
Sprache
Englisch
Identifikatoren
ISSN: 0887-3585
eISSN: 1097-0134
DOI: 10.1002/prot.23037
Titel-ID: cdi_proquest_miscellaneous_871965039
Format
–
Schlagworte
Algorithms
,
Databases, Protein
,
DSSP
,
identification of PDB anomalies
,
Models, Molecular
,
Protein Structure, Secondary
,
Proteins - chemistry
,
quantifying structural regularity
,
quaternion frames
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