1930-1932 Assistant Professor bei Carl O. Sauer an der Universität Berkeley, Kalifornien, Gastprofessor in Athens und Minneapolis. Ab 1932 war er als Oberassistent am Geographischen Institut der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn angestellt, 1941 wurde er zum außerplanmäßigen Professor befördert. Zusätzlich nahm er Lehrstuhlvertretungen an den Universitäten Leipzig und Göttingen wahr. Nach Kriegsende Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Amt für Landeskunde Scheinfeld. 1947 folgte er einem Ruf auf die ordentliche Professur der Geographie sowie die Direktion des Wirtschaftsgeographischen Instituts an die Universität Hamburg. 1949 ging Pfeifer nach Heidelberg, dort wurde ihm die ordentliche Professur der Geographie und die Leitung des Geographischen Institutes übertragen, 1969 wurde er emeritiert. Unternahm viele Forschungsreisen in die USA und nach Lateinamerika.