Josef Partsch war korrespondierendes Mitglied der Göttinger Akademie der Wissenschaften (seit 1901), ordentliches Mitglied der Sächsischen Akademie der Wissenschaften (seit 1906), korrespondierendes Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften (seit 1909) und der Königlich-Preußischen Akademie der Wissenschaften (seit 1922), außerordentliches (1914) und seit 1920 auswärtiges Mitglied der Heidelberger Akademie der Wissenschaften, Ehrendoktor der Universitäten von Genf und Athen und Träger der Carl-Ritter-Medaille der Gesellschaft für Erdkunde zu Berlin.