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Using native and syntenically mapped cDNA alignments to improve de novo gene finding
Bioinformatics, 2008-03, Vol.24 (5), p.637-644
2008
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Ultrafast Sample placement on Existing tRees (UShER) enables real-time phylogenetics for the SARS-CoV-2 pandemic
Nature genetics, 2021-06, Vol.53 (6), p.809-816
2021
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Visualizing and interpreting cancer genomics data via the Xena platform
Nature biotechnology, 2020-06, Vol.38 (6), p.675-678
2020
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The UCSC Cancer Genomics Browser: update 2015
Nucleic acids research, 2015-01, Vol.43 (Database issue), p.D812
2015
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Linear assembly of a human centromere on the Y chromosome
Nature biotechnology, 2018-04, Vol.36 (4), p.321-323
2018
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An evolutionary arms race between KRAB zinc-finger genes ZNF91/93 and SVA/L1 retrotransposons
Nature (London), 2014-12, Vol.516 (7530), p.242-245
2014
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Progressive Cactus is a multiple-genome aligner for the thousand-genome era
Nature (London), 2020-11, Vol.587 (7833), p.246-251
2020
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Nanopore sequencing and the Shasta toolkit enable efficient de novo assembly of eleven human genomes
Nature biotechnology, 2020-09, Vol.38 (9), p.1044-1053
2020
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The UCSC Genome Browser database: 2018 update
Nucleic acids research, 2018-01, Vol.46 (D1), p.D762
2018
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Chromosome-scale shotgun assembly using an in vitro method for long-range linkage
Genome research, 2016-03, Vol.26 (3), p.342
2016
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The UCSC Genome Browser database: 2021 update
Nucleic acids research, 2021-01, Vol.49 (D1), p.D1046
2021
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HAL: a hierarchical format for storing and analyzing multiple genome alignments
Bioinformatics, 2013-05, Vol.29 (10), p.1341-1342
2013
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Earth BioGenome Project: Sequencing life for the future of life
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2018-04, Vol.115 (17), p.4325-4333
2018
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Exploring TCGA Pan-Cancer data at the UCSC Cancer Genomics Browser
Scientific reports, 2013-10, Vol.3 (1), p.2652-2652, Article 2652
2013
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Establishing Cerebral Organoids as Models of Human-Specific Brain Evolution
Cell, 2019-02, Vol.176 (4), p.743-756.e17
2019
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Cactus: Algorithms for genome multiple sequence alignment
Genome research, 2011-09, Vol.21 (9), p.1512
2011
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The Human Pangenome Project: a global resource to map genomic diversity
Nature (London), 2022-04, Vol.604 (7906), p.437-446
2022
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Life, the universe, and everything: an interview with David Haussler. Interviewed by Jane Gitschier
PLoS genetics, 2013, Vol.9 (1), p.e1003282-e1003282
2013
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Human-Specific NOTCH2NL Genes Affect Notch Signaling and Cortical Neurogenesis
Cell, 2018-05, Vol.173 (6), p.1356-1369.e22
2018
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GENCODE: the reference human genome annotation for The ENCODE Project
Genome research, 2012-09, Vol.22 (9), p.1760
2012
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The UCSC Genome Browser database: 2022 update
Nucleic acids research, 2022-01, Vol.50 (D1), p.D1115
2022
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UCSC Genome Browser enters 20th year
Nucleic acids research, 2020-01, Vol.48 (D1), p.D756
2020
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Inference of patient-specific pathway activities from multi-dimensional cancer genomics data using PARADIGM
Bioinformatics, 2010-06, Vol.26 (12), p.i237-i245
2010
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Spiking neural state machine for gait frequency entrainment in a flexible modular robot
PloS one, 2020-10, Vol.15 (10), p.e0240267-e0240267
2020
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Long-read sequence assembly of the gorilla genome
Science (American Association for the Advancement of Science), 2016-04, Vol.352 (6281), p.52-52
2016
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