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Bayesian inference of sampled ancestor trees for epidemiology and fossil calibration
PLoS computational biology, 2014-12, Vol.10 (12), p.e1003919-e1003919
2014
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BEAST 2: a software platform for Bayesian evolutionary analysis
PLoS computational biology, 2014-04, Vol.10 (4), p.e1003537
2014
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Posterior Summarization in Bayesian Phylogenetics Using Tracer 1.7
Systematic biology, 2018-09, Vol.67 (5), p.901
2018
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BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees
BMC evolutionary biology, 2007-11, Vol.7, p.214
2007
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Bayesian inference of population size history from multiple loci
BMC evolutionary biology, 2008-10, Vol.8, p.289
2008
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StarBEAST2 Brings Faster Species Tree Inference and Accurate Estimates of Substitution Rates
Molecular biology and evolution, 2017-08, Vol.34 (8), p.2101-2114
2017
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Calibrated Tree Priors for Relaxed Phylogenetics and Divergence Time Estimation
Systematic biology, 2012-01, Vol.61 (1), p.138-149
2012
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Bayesian random local clocks, or one rate to rule them all
BMC biology, 2010-08, Vol.8 (1), p.114-114, Article 114
2010
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Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10
Virus evolution, 2018-01, Vol.4 (1), p.vey016-vey016
2018
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Birth-death skyline plot reveals temporal changes of epidemic spread in HIV and hepatitis C virus (HCV)
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2013-01, Vol.110 (1), p.228-233
2013
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  • BibTeX
Bayesian phylogeography finds its roots
PLoS computational biology, 2009-09, Vol.5 (9), p.e1000520-e1000520
2009
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  • BibTeX
The space of ultrametric phylogenetic trees
Journal of theoretical biology, 2016-08, Vol.403, p.197-208
2016
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  • BibTeX
Mapping the Origins and Expansion of the Indo-European Language Family
Science (American Association for the Advancement of Science), 2012-08, Vol.337 (6097), p.957-960
2012
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LinguaPhylo: A probabilistic model specification language for reproducible phylogenetic analyses
PLoS computational biology, 2023-07, Vol.19 (7), p.e1011226-e1011226
2023
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  • BibTeX
Relaxed phylogenetics and dating with confidence
PLoS biology, 2006-05, Vol.4 (5), p.e88-e88
2006
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  • BibTeX
Choosing appropriate substitution models for the phylogenetic analysis of protein-coding sequences
Molecular biology and evolution, 2006-01, Vol.23 (1), p.7-9
2006
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  • BibTeX
Guided Tree Topology Proposals for Bayesian Phylogenetic Inference
Systematic biology, 2012-01, Vol.61 (1), p.1-11
2012
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  • BibTeX
Genomic epidemiology reveals transmission patterns and dynamics of SARS-CoV-2 in Aotearoa New Zealand
Nature communications, 2020-12, Vol.11 (1), p.6351-7, Article 6351
2020
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Bayesian phylodynamics of avian influenza A virus H9N2 in Asia with time-dependent predictors of migration
PLoS computational biology, 2019-08, Vol.15 (8), p.e1007189
2019
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  • BibTeX
Genomic Evidence of In-Flight Transmission of SARS-CoV-2 Despite Predeparture Testing
Emerging infectious diseases, 2021-03, Vol.27 (3), p.687-693
2021
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Bayesian inference and comparison of stochastic transcription elongation models
PLoS computational biology, 2020-02, Vol.16 (2), p.e1006717-e1006717
2020
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  • BibTeX
bModelTest: Bayesian phylogenetic site model averaging and model comparison
BMC evolutionary biology, 2017-02, Vol.17 (1), p.42
2017
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Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7
Molecular biology and evolution, 2012-08, Vol.29 (8), p.1969-1973
2012
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  • BibTeX
Use of Genomics to Track Coronavirus Disease Outbreaks, New Zealand
Emerging infectious diseases, 2021-05, Vol.27 (5), p.1317-1322
2021
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Estimating Mutation Parameters, Population History and Genealogy Simultaneously From Temporally Spaced Sequence Data
Genetics (Austin), 2002-07, Vol.161 (3), p.1307-1320
2002
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