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Computational Non-Coding RNA Biology

Computational Non-Coding RNA Biology, 2018

Zheng, Yun

1, 2018

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Template requirements of Zika RNA polymerase during in vitro RNA synthesis from the 3′-end of virus minus-strand RNA

Biochimie, 2022-04, Vol.195, p.71-76

2022

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Profiling expression of coding genes, long noncoding RNA, and circular RNA in lung adenocarcinoma by ribosomal RNA‐depleted RNA sequencing

FEBS open bio, 2018-04, Vol.8 (4), p.544-555

2018

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Beyond CLIP: advances and opportunities to measure RBP-RNA and RNA-RNA interactions

Nucleic acids research, 2019-06, Vol.47 (11), p.5490

2019

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Arabidopsis RNA-Dependent RNA Polymerases and Dicer-Like Proteins in Antiviral Defense and Small Interfering RNA Biogenesis during Turnip Mosaic Virus Infection

The Plant cell, 2010-02, Vol.22 (2), p.481-496

2010

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The DExD box ATPase DDX55 is recruited to domain IV of the 28S ribosomal RNA by its C-terminal region

RNA biology, 2021-08, Vol.18 (8), p.1124-1135

2021

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Effects of natural RNA modifications on the activity of SARS‐CoV‐2 RNA‐dependent RNA polymerase

The FEBS journal, 2023-01, Vol.290 (1), p.80-92

2023

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A Compendium of RNA-Binding Proteins that Regulate MicroRNA Biogenesis

Molecular cell, 2017-04, Vol.66 (2), p.270-284.e13

2017

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Plant Extracellular Vesicles Contain Diverse Small RNA Species and Are Enriched in 10- to 17-Nucleotide "Tiny" RNAs

The Plant cell, 2019-02, Vol.31 (2), p.315-324

2019

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Transcriptome-wide discovery of circular RNAs in Archaea

Nucleic acids research, 2012-04, Vol.40 (7), p.3131

2012

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Probing the microRNA and small interfering RNA pathways with virus-encoded suppressors of RNA silencing

The Plant cell, 2004-05, Vol.16 (5), p.1235-1250

2004

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How RNA-Binding Proteins Interact with RNA: Molecules and Mechanisms

Molecular cell, 2020-04, Vol.78 (1), p.9-29

2020

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In Vivo Mapping of Eukaryotic RNA Interactomes Reveals Principles of Higher-Order Organization and Regulation

Molecular cell, 2016-05, Vol.62 (4), p.603-617

2016

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2′-C-methylated nucleotides terminate virus RNA synthesis by preventing active site closure of the viral RNA-dependent RNA polymerase

The Journal of biological chemistry, 2019-11, Vol.294 (45), p.16897-16907

2019

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Evolution of transient RNA structure–RNA polymerase interactions in respiratory RNA virus genomes

Virus evolution, 2023-12, Vol.9 (2), p.vead056-vead056

2023

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Extensive Degradation of RNA Precursors by the Exosome in Wild-Type Cells

Molecular cell, 2012-11, Vol.48 (3), p.409-421

2012

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Efficient inhibition of RNA self-primed extension by addition of competing 3'-capture DNA-improved RNA synthesis by T7 RNA polymerase

Nucleic acids research, 2019-11, Vol.47 (19), p.e118

2019

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An improved method for circular RNA purification using RNase R that efficiently removes linear RNAs containing G-quadruplexes or structured 3' ends

Nucleic acids research, 2019-09, Vol.47 (16), p.8755

2019

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Transforming growth factor‐β–induced long noncoding RNA promotes liver cancer metastasis via RNA–RNA crosstalk

Hepatology (Baltimore, Md.), 2015-02, Vol.61 (2), p.722-724

2015

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NanoPARE: parallel analysis of RNA 5' ends from low-input RNA

Genome research, 2018-12, Vol.28 (12), p.1931

2018

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Defining the RNA interactome by total RNA‐associated protein purification

Molecular systems biology, 2019-04, Vol.15 (4), p.e8689-n/a

2019

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RAID: a comprehensive resource for human RNA-associated (RNA-RNA/RNA-protein) interaction

RNA (Cambridge), 2014-07, Vol.20 (7), p.989-993

2014

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RNA Droplets

Annual review of biophysics, 2020-05, Vol.49, p.247

2020

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Massive Analysis of Rice Small RNAs: Mechanistic Implications of Regulated MicroRNAs and Variants for Differential Target RNA Cleavage

The Plant cell, 2011-12, Vol.23 (12), p.4185-4207

2011

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miRNATissueAtlas2: an update to the human miRNA tissue atlas

Nucleic acids research, 2022-01, Vol.50 (D1), p.D211

2022

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