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Molecular dynamics simulations of nucleotide release from the circadian clock protein KaiC reveal atomic-resolution functional insights
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2018-12, Vol.115 (49), p.E11475-E11484
2018
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Exploring Kinase Asp-Phe-Gly (DFG) Loop Conformational Stability with AlphaFold2-RAVE
Journal of chemical information and modeling, 2024-04, Vol.64 (7), p.2789-2797
2024
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AlphaFold2-RAVE: From Sequence to Boltzmann Ranking
Journal of chemical theory and computation, 2023-07, Vol.19 (14), p.4351-4354
2023
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Computing transition path theory quantities with trajectory stratification
The Journal of chemical physics, 2022-07, Vol.157 (3), p.034106-034106
2022
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Graph Attention Site Prediction (GrASP): Identifying Druggable Binding Sites Using Graph Neural Networks with Attention
Journal of chemical information and modeling, 2024-04, Vol.64 (7), p.2637-2644
2024
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Long-Time-Scale Predictions from Short-Trajectory Data: A Benchmark Analysis of the Trp-Cage Miniprotein
Journal of chemical theory and computation, 2021-05, Vol.17 (5), p.2948-2963
2021
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Insulin Dissociates by Diverse Mechanisms of Coupled Unfolding and Unbinding
The journal of physical chemistry. B, 2020-07, Vol.124 (27), p.5571-5587
2020
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Long-timescale predictions from short-trajectory data: A benchmark analysis of the trp-cage miniprotein
Journal of chemical theory and computation, 2021-04, Vol.17 (5), p.2948-2963
2021
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Enhancing CAR T cell therapy through in silico modeling of hinge sequence length based on epitope location
Biophysical journal, 2024-02, Vol.123 (3), p.552a-552a
2024
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Molecular Dynamics Simulations of the Circadian Clock Protein Kaic Reveal Structural Insights into the Nucleotide Release and Circadian Timing Mechanisms
Biophysical journal, 2019-02, Vol.116 (3), p.310a-310a
2019
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