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Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing
Genome Biology, 2020-01, Vol.21 (1), p.9-17, Article 9
2020
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Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data
BMC bioinformatics, 2023-11, Vol.24 (1), p.420-28, Article 420
2023
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CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA sequencing
Genome Biology, 2019-02, Vol.20 (1), p.31-23, Article 31
2019
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WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans
BMC bioinformatics, 2023-06, Vol.24 (1), p.254-21, Article 254
2023
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MeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis
BMC bioinformatics, 2015-02, Vol.16 (1), p.45-45, Article 45
2015
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Non-negative tensor factorization workflow for time series biomedical data
STAR protocols, 2023-09, Vol.4 (3), p.102318-102318, Article 102318
2023
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dcTensor: An R package for discrete matrix/tensor decomposition
Journal of open source software, 2023-08, Vol.8 (88), p.5664
2023
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iTensor: An R package for independent component analysis-based matrix/tensor decomposition
Journal of open source software, 2023-07, Vol.8 (87), p.5496
2023
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Detecting time-evolving phenotypic components of adverse reactions against BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccine via non-negative tensor factorization
iScience, 2022-10, Vol.25 (10), p.105237-105237, Article 105237
2022
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An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data
NAR genomics and bioinformatics, 2020-03, Vol.2 (1)
2020
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nnTensor: An R package for non-negative matrix/tensor decomposition
Journal of open source software, 2023-04, Vol.8 (84), p.5015
2023
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Improved MeSH analysis software tools for farm animals
Animal genetics, 2022-02, Vol.53 (1), p.171-172
2022
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Two-way AIC: detection of differentially expressed genes from large scale microarray meta-dataset
BMC genomics, 2013, Vol.14 Suppl 2 (Suppl 2), p.S9-S9, Article S9
2013
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Detecting time-evolving phenotypic components of adverse reactions against BNT162b2 mRNA SARS-CoV-2 vaccine via non-negative tensor factorization
iScience, 2022-09
2022
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