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Predicting the Binding of Small Molecules to Proteins through Invariant Representation of the Molecular Structure

Journal of chemical information and modeling, 2024-09, Vol.64 (17), p.6758-6767

2024

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Integrating experiment, theory and simulation to determine the structure and dynamics of mammalian chromosomes

Current opinion in structural biology, 2018-04, Vol.49, p.11-17

2018

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Modeling the 3D Conformation of Genomes

1, 2019

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Structure of the space of folding protein sequences defined by large language models

Physical biology, 2024-03, Vol.21 (2), p.26002

2024

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A many-body term improves the accuracy of effective potentials based on protein coevolutionary data

The Journal of chemical physics, 2015-07, Vol.143 (2), p.025103-025103

2015

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Thermodynamic and structural effect of urea and guanidine chloride on the helical and on a hairpin fragment of GB1 from molecular simulations

Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2017-04, Vol.85 (4), p.753-763

2017

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Thermodynamically–Weighted Conformational Ensemble of Cyclic RGD Peptidomimetics from NOE Data

The journal of physical chemistry. B, 2016-07, Vol.120 (29), p.7098-7107

2016

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Estimation of microscopic averages from metadynamics

The European physical journal. B, Condensed matter physics, 2008-05, Vol.63 (2), p.235-238

Tiana, G.

2008

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Modelling genome-wide topological associating domains in mouse embryonic stem cells

Chromosome research, 2017-03, Vol.25 (1), p.5-14

2017

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Conformational Dependence of the Circular Dichroism Spectra of Single Amino Acids from Plane-Waves-Based Density Functional Theory Calculations

The journal of physical chemistry. B, 2015-04, Vol.119 (14), p.4803-4811

2015

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Statistical mechanical properties of sequence space determine the efficiency of the various algorithms to predict interaction energies and native contacts from protein coevolution

Physical biology, 2019-06, Vol.16 (4), p.046007-046007

2019

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The dynamics of genetic control in the cell: the good and bad of being late

Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series A: Mathematical, physical, and engineering sciences, 2013-09, Vol.371 (1999), p.20120469-20120469

2013

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Urea and Guanidinium Chloride Denature Protein L in Different Ways in Molecular Dynamics Simulations

Biophysical journal, 2008-06, Vol.94 (12), p.4654-4661

2008

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Native state of natural proteins optimizes local entropy

Physical review. E, 2021-12, Vol.104 (6-1), p.064117, Article 064117

2021

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Fox eyes lift—A new protocol for eyebrow elevation with laser Fotona

Journal of cosmetic dermatology, 2024-02, Vol.23 (2), p.450-456

2024

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Use of 2-hydroxy-4-(methylthio)-butanoic acid to inhibit Salmonella and Listeria in raw meat for feline diets and palatability in domestic cats

Journal of animal science, 2021-10, Vol.99 (10)

2021

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Sustained oscillations and time delays in gene expression of protein Hes1

FEBS letters, 2003-04, Vol.541 (1), p.176-177

2003

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Use of the Metropolis algorithm to simulate the dynamics of protein chains

Physica A, 2007-07, Vol.380, p.241-249

2007

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MonteGrappa: An iterative Monte Carlo program to optimize biomolecular potentials in simplified models

Computer physics communications, 2015-01, Vol.186, p.93-104

2015

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Oscillations and temporal signalling in cells

Physical biology, 2007-06, Vol.4 (2), p.R1-R17

2007

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HIV-1 protease folding and the design of drugs which do not create resistance

Current opinion in structural biology, 2008-02, Vol.18 (1), p.60-66

2008

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Complete coverage of space favors modularity of the grid system in the brain

Physical review. E, 2016-12, Vol.94 (6-1), p.062409-062409, Article 062409

2016

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The complex folding behavior of HIV-1-protease monomer revealed by optical-tweezer single-molecule experiments and molecular dynamics simulations

Biophysical chemistry, 2014-12, Vol.195, p.32-42

2014

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Labial salivary gland transplantation for severe dry eye due to chemical burns and Stevens-Johnson syndrome

Ophthalmic plastic and reconstructive surgery, 2010-05, Vol.26 (3), p.182-184

2010

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The molecular evolution of HIV-1 protease simulated at atomic detail

Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2009-09, Vol.76 (4), p.895-910

2009

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