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Computational screening combined with well-tempered metadynamics simulations identifies potential TMPRSS2 inhibitors
Scientific reports, 2024-07, Vol.14 (1), p.16197-15, Article 16197
2024
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Single Water Entropy: Hydrophobic Crossover and Application to Drug Binding
The journal of physical chemistry. B, 2014-09, Vol.118 (36), p.10553-10564
2014
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Molecular Mechanism of Direct Proflavine–DNA Intercalation: Evidence for Drug-Induced Minimum Base-Stacking Penalty Pathway
The journal of physical chemistry. B, 2012-10, Vol.116 (40), p.12208-12212
2012
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Intercalation and de-intercalation pathway of proflavine through the minor and major grooves of DNA: roles of water and entropy
Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2013-05, Vol.15 (17), p.6446-6455
2013
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Structure and dynamics of proflavine association around DNA
Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2016-04, Vol.18 (15), p.10383-10391
2016
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Drug–DNA Intercalation: From Discovery to the Molecular Mechanism
Advances in Protein Chemistry and Structural Biology: Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, 2013, Vol.92, p.1-62
2013
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Molecular Origin of DNA Kinking by Transcription Factors
The journal of physical chemistry. B, 2015-09, Vol.119 (35), p.11590-11596
2015
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Comparative Study of Flavins Binding with Human Serum Albumin: A Fluorometric, Thermodynamic, and Molecular Dynamics Approach
Chemphyschem, 2012-06, Vol.13 (8), p.2142-2153
2012
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Modulation of excimer formation of 9-(dicyano-vinyl)julolidine by the macrocyclic hosts
Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2013-01, Vol.15 (1), p.330-340
2013
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Structure and dynamics of proflavine association around DNAElectronic supplementary information (ESI) available: Figures showing average number of clusters of stacked proflavine in solution, convergence of PMF of dissociation of proflavine dimers, average number of proflavine associated with DNA, average number of clusters of stacked proflavine around DNA, RDF of Na+ and proflavine around DNA and distribution of different sizes of proflavine clusters around DNA. See DOI: 10.1039/c5cp07789c
2016-04
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Intercalation and de-intercalation pathway of proflavine through the minor and major grooves of DNA: roles of water and entropyElectronic supplementary information (ESI) available: Shows time dependence of CVs, detailed analysis of the intercalation, de-intercalation and dissociation processes, additional free energy surface for intercalation from the major groove side, comparison of the crystal structure with configurations obtained during simulation. See DOI: 10.1039/c3cp50501d
2013-04
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Modulation of excimer formation of 9-(dicyano-vinyl)julolidine by the macrocyclic hostsElectronic supplementary information (ESI) available. See DOI: 10.1039/c2cp43282j
2012-11
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Dynamics of Proteins and Nucleic Acids
1, 2013
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Drug–DNA Intercalation
Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, 2013, Vol.92, p.1-62
2013
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