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A combination of machine learning and infrequent metadynamics to efficiently predict kinetic rates, transition states, and molecular determinants of drug dissociation from G protein-coupled receptors
The Journal of chemical physics, 2020-09, Vol.153 (12), p.124105-124105
2020
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Machine learning approaches for analyzing and enhancing molecular dynamics simulations
Current opinion in structural biology, 2020-04, Vol.61, p.139-145
2020
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Past–future information bottleneck for sampling molecular reaction coordinate simultaneously with thermodynamics and kinetics
Nature communications, 2019-08, Vol.10 (1), p.3573-8, Article 3573
2019
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Reweighted autoencoded variational Bayes for enhanced sampling (RAVE)
The Journal of chemical physics, 2018-08, Vol.149 (7), p.072301-072301
2018
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Toward Achieving Efficient and Accurate Ligand-Protein Unbinding with Deep Learning and Molecular Dynamics through RAVE
Journal of chemical theory and computation, 2019-01, Vol.15 (1), p.708-719
2019
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Allostery in G protein-coupled receptors investigated by molecular dynamics simulations
Current opinion in structural biology, 2019-04, Vol.55, p.121-128
2019
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Kinetics of Ligand–Protein Dissociation from All-Atom Simulations: Are We There Yet?
Biochemistry (Easton), 2019-01, Vol.58 (3), p.156-165
2019
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Insights From Molecular Dynamics Simulations of a Number of G-Protein Coupled Receptor Targets for the Treatment of Pain and Opioid Use Disorders
Frontiers in molecular neuroscience, 2019-08, Vol.12, p.207-207
2019
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De Novo Design of κ-Opioid Receptor Antagonists Using a Generative Deep-Learning Framework
Journal of chemical information and modeling, 2023-08, Vol.63 (16), p.5056-5065
2023
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Differences in interactions between transmembrane domains tune the activation of metabotropic glutamate receptors
eLife, 2021-04, Vol.10
2021
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AI-assisted de novo design of selective κ-opioid receptor antagonists for the treatment of opioid addiction
Biophysical journal, 2023-02, Vol.122 (3), p.511a-511a
2023
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Markov State Model Analysis of Dynamic Dimerization Interfaces between Transmembrane Domains of Metabotropic Glutamate Receptors
Biophysical journal, 2021-02, Vol.120 (3), p.302a-303a
2021
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