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Dynamics of Water and Ions Near DNA: Comparison of Simulation to Time-Resolved Stokes-Shift Experiments
Journal of the American Chemical Society, 2009-02, Vol.131 (5), p.1724-1735
2009
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Ion Motions in Molecular Dynamics Simulations on DNA
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2004-10, Vol.101 (41), p.14771-14775
2004
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Electrostatic Polarization Is Crucial in Reproducing Cu(I) Interaction Energies and Hydration
The journal of physical chemistry. B, 2011-08, Vol.115 (33), p.10079-10085
2011
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Computational prediction and analysis of the DR6-NAPP interaction
Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2011-05, Vol.79 (5), p.1376-1395
2011
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POSSIM: Parameterizing Complete Second-Order Polarizable Force Field for Proteins
Journal of chemical theory and computation, 2014-11, Vol.10 (11), p.4896-4910
2014
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Polarizable Simulations with Second-Order Interaction Model (POSSIM) Force Field: Developing Parameters for Alanine Peptides and Protein Backbone
Journal of chemical theory and computation, 2011-05, Vol.7 (5), p.1415-1427
2011
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Effects of Lysine Substitution on Stability of Polyalanine α Helix
Journal of chemical theory and computation, 2012-11, Vol.8 (11), p.4691-4706
2012
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Importance of electrostatic polarizability in calculating cysteine acidity constants and copper(I) binding energy of Bacillus subtilis CopZ
Journal of computational chemistry, 2012-04, Vol.33 (11), p.1142-1151
2012
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Polarizable simulations with second order interaction model (POSSIM) force field: Developing parameters for protein side-chain analogues
Journal of computational chemistry, 2013-05, Vol.34 (14), p.1241-1250
2013
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Polarizable Simulations with Second-Order Interaction ModelForce Field and Software for Fast Polarizable Calculations: Parameters for Small Model Systems and Free Energy Calculations
Journal of chemical theory and computation, 2009-10, Vol.5 (11), p.2935-2943
2009
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Relaxation dynamics of nucleosomal DNA
Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2009-01, Vol.11 (45), p.10633-10643
2009
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Root Mean Square Deviation Probability Analysis of Molecular Dynamics Trajectories on DNA
Journal of chemical information and modeling, 2006-05, Vol.46 (3), p.1084-1093
2006
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The Role of Electrostatics in Sequence Dependent Nucleosome Stability Analysis
Biophysical journal, 2009-02, Vol.96 (3), p.53a-53a
2009
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Relaxation dynamics of nucleosomal DNA: Nucleic acid simulations
Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2009, Vol.11 (45), p.10633-10643
2009
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Molecular dynamics simulation of DNA oligonucleotides
2007
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Molecular dynamics simulation of DNA oligonucleotides
2007
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