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Learning the pattern of epistasis linking genotype and phenotype in a protein

Nature communications, 2019-09, Vol.10 (1), p.4213-11, Article 4213

2019

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Mutation effects predicted from sequence co-variation

Nature biotechnology, 2017-02, Vol.35 (2), p.128-135

2017

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The Context-Dependence of Mutations: A Linkage of Formalisms

PLoS computational biology, 2016-06, Vol.12 (6), p.e1004771-e1004771

2016

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Inferring protein 3D structure from deep mutation scans

Nature genetics, 2019-07, Vol.51 (7), p.1170-1176

2019

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The spatial architecture of protein function and adaptation

Nature (London), 2012-11, Vol.491 (7422), p.138-142

2012

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Tradeoffs and Optimality in the Evolution of Gene Regulation

Cell, 2011-08, Vol.146 (3), p.462-470

2011

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Reciprocal sign epistasis is a necessary condition for multi-peaked fitness landscapes

Journal of theoretical biology, 2011-03, Vol.272 (1), p.141-144

2011

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LRH-1 and PTF1-L coregulate an exocrine pancreas-specific transcriptional network for digestive function

Genes & development, 2011-08, Vol.25 (16), p.1674-1679

2011

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Environmental dependence of genetic constraint

PLoS genetics, 2013-06, Vol.9 (6), p.e1003580-e1003580

2013

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Context-Dependent Mutation Effects in Proteins

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2019-01, Vol.1851, p.123

Poelwijk, Frank J

2019

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Illuminating protein space with a programmable generative model

Nature (London), 2023-11, Vol.623 (7989), p.1070-1078

2023

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Empirical fitness landscapes reveal accessible evolutionary paths

Nature, 2007-01, Vol.445 (7126), p.383-386

2007

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Evolutionary potential of a duplicated repressor-operator pair: simulating pathways using mutation data

PLoS computational biology, 2006-05, Vol.2 (5), p.e58-e58

2006

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Predicting Evolution Using Regulatory Architecture

Annual review of biophysics, 2020-05, Vol.49 (1), p.181-197

2020

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Evolving generalists in switching rugged landscapes

PLoS computational biology, 2019-10, Vol.15 (10), p.e1007320-e1007320

2019

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Predicting Evolutionary Constraints by Identifying Conflicting Demands in Regulatory Networks

Cell systems, 2020-06, Vol.10 (6), p.526-534.e3

2020

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Protein Structure from Experimental Evolution

Cell systems, 2020-01, Vol.10 (1), p.15-24.e5

2020

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Optimality in evolution: new insights from synthetic biology

Current opinion in biotechnology, 2013-08, Vol.24 (4), p.797-802

2013

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Optimality and evolution of transcriptionally regulated gene expression

BMC systems biology, 2011-08, Vol.5 (1), p.128-128, Article 128

2011

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Environmental Dependence of Genetic Constraint: e1003580

PLoS genetics, 2013-06, Vol.9 (6)

2013

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Dynamics of a random laser above threshold

Physical review letters, 2001-02, Vol.86 (8), p.1522-1525

2001

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Speckle experiments in random lasers

Physical review. E, Statistical physics, plasmas, fluids, and related interdisciplinary topics, 2002-04, Vol.65 (4 Pt 2B), p.046603-046603, Article 046603

2002

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