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Routine Access to Millisecond Time Scale Events with Accelerated Molecular Dynamics
Journal of chemical theory and computation, 2012-09, Vol.8 (9), p.2997-3002
2012
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Mechanisms for Benzene Dissociation through the Excited State of T4 Lysozyme L99A Mutant
Biophysical journal, 2019-01, Vol.116 (2), p.205-214
2019
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Distal loop flexibility of a regulatory domain modulates dynamics and activity of C-terminal SRC kinase (csk)
PLoS computational biology, 2013-09, Vol.9 (9), p.e1003188-e1003188
2013
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Deep sequencing of 10,000 human genomes
Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2016-10, Vol.113 (42), p.11901-11906
2016
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Alternative DNA secondary structure formation affects RNA polymerase II promoter-proximal pausing in human
Genome Biology, 2018-07, Vol.19 (1), p.89-89, Article 89
2018
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On the Use of Accelerated Molecular Dynamics to Enhance Configurational Sampling in Ab Initio Simulations
Journal of chemical theory and computation, 2011-04, Vol.7 (4), p.890-897
2011
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DNA Secondary Structure at Chromosomal Fragile Sites in Human Disease
Current genomics, 2015-02, Vol.16 (1), p.60-70
2015
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Role of DNA secondary structures in fragile site breakage along human chromosome 10
Human molecular genetics, 2013-04, Vol.22 (7), p.1443-1456
2013
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Over half of breakpoints in gene pairs involved in cancer-specific recurrent translocations are mapped to human chromosomal fragile sites
BMC genomics, 2009-01, Vol.10 (1), p.59-59, Article 59
2009
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DNA topoisomerases participate in fragility of the oncogene RET
PloS one, 2013-09, Vol.8 (9), p.e75741
2013
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Protecting High Energy Barriers: A New Equation to Regulate Boost Energy in Accelerated Molecular Dynamics Simulations
Journal of chemical theory and computation, 2012-01, Vol.8 (1), p.17-23
2012
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Adaptive Accelerated Molecular Dynamics (Ad-AMD) Revealing the Molecular Plasticity of P450cam
The journal of physical chemistry letters, 2011-02, Vol.2 (3), p.158-164
2011
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Theoretical Insights Reveal Novel Motions in Csk's SH3 Domain That Control Kinase Activation
PloS one, 2015-06, Vol.10 (6), p.e0127724-e0127724
2015
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Accelerating chemical reactions: Exploring reactive free-energy surfaces using accelerated ab initio molecular dynamics
The Journal of chemical physics, 2011-05, Vol.134 (17), p.174107-174107-12
2011
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Environmental and chemotherapeutic agents induce breakage at genes involved in leukemia-causing gene rearrangements in human hematopoietic stem/progenitor cells
Mutation research, 2015-09, Vol.779, p.86-95
2015
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Exploring the Photophysical Properties of Molecular Systems Using Excited State Accelerated ab Initio Molecular Dynamics
Journal of chemical theory and computation, 2012-08, Vol.8 (8), p.2752-2761
2012
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The Molecular Dynamics of Trypanosoma brucei UDP-Galactose 4′-Epimerase: A Drug Target for African Sleeping Sickness
Chemical biology & drug design, 2012-08, Vol.80 (2), p.173-181
2012
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