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Pathway-Based Genomics Prediction using Generalized Elastic Net
PLoS computational biology, 2016-03, Vol.12 (3), p.e1004790
2016
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SJARACNe: a scalable software tool for gene network reverse engineering from big data
Bioinformatics (Oxford, England), 2019-06, Vol.35 (12), p.2165-2166
2019
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Discovering causal pathways linking genomic events to transcriptional states using Tied Diffusion Through Interacting Events (TieDIE)
Bioinformatics, 2013-11, Vol.29 (21), p.2757-2764
2013
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ONE-CLASS DETECTION OF CELL STATES IN TUMOR SUBTYPES
Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing, 2016, Vol.21, p.405
2016
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Common and cell-type specific responses to anti-cancer drugs revealed by high throughput transcript profiling
Nature communications, 2017-10, Vol.8 (1), p.1186-11, Article 1186
2017
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A modular master regulator landscape controls cancer transcriptional identity
Cell, 2021-01, Vol.184 (2), p.334-351.e20
2021
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Phosphoproteome Integration Reveals Patient-Specific Networks in Prostate Cancer
Cell, 2016-08, Vol.166 (4), p.1041-1054
2016
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Prophetic Granger Causality to infer gene regulatory networks
PloS one, 2017-12, Vol.12 (12), p.e0170340-e0170340
2017
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The number of titrated microRNA species dictates ceRNA regulation
Nucleic acids research, 2018-05, Vol.46 (9), p.4354-4369
2018
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The Master Regulator Protein BAZ2B Can Reprogram Human Hematopoietic Lineage-Committed Progenitors into a Multipotent State
Cell reports (Cambridge), 2020-12, Vol.33 (10), p.108474-108474, Article 108474
2020
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Oncoprotein-specific molecular interaction maps (SigMaps) for cancer network analyses
Nature biotechnology, 2021-02, Vol.39 (2), p.215-224
2021
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Molecular pathways: extracting medical knowledge from high-throughput genomic data
Clinical cancer research, 2013-06, Vol.19 (12), p.3114-3120
2013
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Revealing cancer subtypes with higher-order correlations applied to imaging and omics data
BMC medical genomics, 2017-03, Vol.10 (1), p.20-20, Article 20
2017
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Inferring causal molecular networks: empirical assessment through a community-based effort
Nature methods, 2016-04, Vol.13 (4), p.310-318
2016
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Sgr-1505 Is a Potent MALT1 Protease Inhibitor with a Potential Best-in-Class Profile
Blood, 2023-11, Vol.142 (Supplement 1), p.2997-2997
2023
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Abstract 285: Uncovering the disorder of breast invasive carcinoma homeostasis proteins
Cancer research (Chicago, Ill.), 2018-07, Vol.78 (13_Supplement), p.285-285
2018
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Abstract PR07: A systems biology approach to reprogramming drug-resistant breast cancer stem-like cells
Cancer research (Chicago, Ill.), 2020-11, Vol.80 (21_Supplement), p.PR07-PR07
2020
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Abstract 788: Transcriptional landscape of drug response guides the design of potent and synergistic drug combinations
Cancer research (Chicago, Ill.), 2016-07, Vol.76 (14_Supplement), p.788-788
2016
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Abstract B20: Transcriptional landscape of drug response guides the design of specific and potent drug combinations
Molecular cancer therapeutics, 2015-12, Vol.14 (12_Supplement_2), p.B20-B20
2015
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Abstract 4177: Identification of pathways relevant for metastatic site prediction in prostate cancer
Cancer research (Chicago, Ill.), 2014-10, Vol.74 (19_Supplement), p.4177-4177
2014
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Integrated Genomic Characterization of Papillary Thyroid Carcinoma
Cell, 2014-10, Vol.159 (3), p.676-690
2014
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Abstract PR10: Multiple Pathway Learning accurately predicts gene essentiality in the Cancer Cell Line Encyclopedia
Cancer research (Chicago, Ill.), 2015-11, Vol.75 (22_Supplement_1), p.PR10-PR10
2015
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Abstract PR02: Multiple Pathway Learning accurately predicts gene essentiality in the Cancer Cell Line Encyclopedia
Cancer research (Chicago, Ill.), 2015-11, Vol.75 (22_Supplement_2), p.PR02-PR02
2015
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Abstract PR01: Identification and pharmacological targeting of treatment-resistant, stem-like breast cancer cells for combination therapy
Cancer research (Chicago, Ill.), 2024-02, Vol.84 (3_Supplement_1), p.PR01-PR01
2024
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Abstract 3882: Patient-specific druggable networks in lethal prostate cancer through proteome-guided multi-omic integration
Cancer research (Chicago, Ill.), 2016-07, Vol.76 (14_Supplement), p.3882-3882
2016
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