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Systematic evaluation of chromosome conformation capture assays
Nature methods, 2021-09, Vol.18 (9), p.1046-1055
2021
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A chromosome folding intermediate at the condensin-to-cohesin transition during telophase
Nature cell biology, 2019-11, Vol.21 (11), p.1393-1402
2019
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The HoxD cluster is a dynamic and resilient TAD boundary controlling the segregation of antagonistic regulatory landscapes
Genes & development, 2017-11, Vol.31 (22), p.2264-2281
2017
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Transcriptional Silencers in Drosophila Serve a Dual Role as Transcriptional Enhancers in Alternate Cellular Contexts
Molecular cell, 2020-01, Vol.77 (2), p.324-337.e8
2020
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Measuring the reproducibility and quality of Hi-C data
Genome Biology, 2019-03, Vol.20 (1), p.57-57, Article 57
2019
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The non-canonical SMC protein SmcHD1 antagonises TAD formation and compartmentalisation on the inactive X chromosome
Nature communications, 2019-01, Vol.10 (1), p.30-14, Article 30
2019
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Large domains of heterochromatin direct the formation of short mitotic chromosome loops
eLife, 2020-09, Vol.9
2020
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Polycyclic codes over Galois rings with applications to repeated-root constacyclic codes
Finite fields and their applications, 2013-01, Vol.19 (1), p.16-38
2013
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RiboGraph: an interactive visualization system for ribosome profiling data at read length resolution
Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6)
2024
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RiboFlow, RiboR and RiboPy: an ecosystem for analyzing ribosome profiling data at read length resolution
Bioinformatics, 2020-05, Vol.36 (9), p.2929-2931
2020
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Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes
Nature (London), 2020-07, Vol.583 (7818), p.699-710
2020
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Integrative detection and analysis of structural variation in cancer genomes
Nature genetics, 2018-10, Vol.50 (10), p.1388-1398
2018
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Single-cell quantification of ribosome occupancy in early mouse development
Nature (London), 2023-06, Vol.618 (7967), p.1057-1064
2023
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Genes with 5' terminal oligopyrimidine tracts preferentially escape global suppression of translation by the SARS-CoV-2 Nsp1 protein
RNA (Cambridge), 2021-09, Vol.27 (9), p.1025-1045
2021
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The 4D nucleome project
Nature (London), 2017-09, Vol.549 (7671), p.219-226
2017
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Higher-Order Organization Principles of Pre-translational mRNPs
Molecular cell, 2018-11, Vol.72 (4), p.715-726.e3
2018
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Perspectives on ENCODE
Nature (London), 2020-07, Vol.583 (7818), p.693-698
2020
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Loss of coordinated expression between ribosomal and mitochondrial genes revealed by comprehensive characterization of a large family with a rare Mendelian disorder
Genomics (San Diego, Calif.), 2021-07, Vol.113 (4), p.1895-1905
2021
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Transcriptome-wide Interrogation of the Functional Intronome by Spliceosome Profiling
Cell, 2018-05, Vol.173 (4), p.1031-1044.e13
2018
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An optimized kit-free method for making strand-specific deep sequencing libraries from RNA fragments
Nucleic acids research, 2015-01, Vol.43 (1), p.e2-e2
2015
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Pyruvate Kinase M (PKM) binds ribosomes in a poly-ADP ribosylation dependent manner to induce translational stalling
Nucleic acids research, 2023-07, Vol.51 (12), p.6461-6478
2023
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Author Correction: Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes
Nature (London), 2022-05, Vol.605 (7909), p.E3-E3
2022
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Author Correction: Perspectives on ENCODE
Nature (London), 2022-05, Vol.605 (7909), p.E4-E4
2022
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On a class of repeated-root monomial-like abelian codes
Journal of algebra combinatorics discrete structures and applications, 2015-04, Vol.2 (2)
2015
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ASPeak: an abundance sensitive peak detection algorithm for RIP-Seq
Bioinformatics, 2013-10, Vol.29 (19), p.2485-2486
2013
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