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Chromatin accessibility landscape and active transcription factors in primary human invasive lobular and ductal breast carcinomas
Breast cancer research : BCR, 2022-07, Vol.24 (1), p.1-54, Article 54
2022
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Interpretable deep learning for chromatin-informed inference of transcriptional programs driven by somatic alterations across cancers
Nucleic acids research, 2022-10, Vol.50 (19), p.10869-10881
2022
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SPaRTAN, a computational framework for linking cell-surface receptors to transcriptional regulators
Nucleic acids research, 2021-09, Vol.49 (17), p.9633-9647
2021
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COVID‐19db linkage maps of cell surface proteins and transcription factors in immune cells
Journal of medical virology, 2023-06, Vol.95 (6), p.e28887-n/a
2023
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Genomic and transcriptomic analysis of cutaneous squamous cell carcinoma arising in immunocompetent and immunosuppressed patients
Oral oncology, 2024-01, Vol.148, p.106582, Article 106582
2024
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Clinical and biomarker results from a phase II trial of combined cabozantinib and durvalumab in patients with chemotherapy-refractory colorectal cancer (CRC): CAMILLA CRC cohort
Nature communications, 2024-02, Vol.15 (1), p.1533-13, Article 1533
2024
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Isolated BAP1 Genomic Alteration in Malignant Pleural Mesothelioma Predicts Distinct Immunogenicity with Implications for Immunotherapeutic Response
Cancers, 2022-11, Vol.14 (22), p.5626
2022
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STGIC: A graph and image convolution-based method for spatial transcriptomic clustering
PLoS computational biology, 2024-02, Vol.20 (2), p.e1011935-e1011935
2024
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Single-cell analysis reveals the stromal dynamics and tumor-specific characteristics in the microenvironment of ovarian cancer
Communications biology, 2024-01, Vol.7 (1), p.20-20, Article 20
2024
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MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
PLoS computational biology, 2023-11, Vol.19 (11), p.e1011623-e1011623
2023
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Inferring evolutionary trajectories from cross-sectional transcriptomic data to mirror lung adenocarcinoma progression
PLoS computational biology, 2023-05, Vol.19 (5), p.e1011122-e1011122
2023
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N-gram analysis of 970 microbial organisms reveals presence of biological language models
BMC bioinformatics, 2011-01, Vol.12 (1), p.12-12, Article 12
2011
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PLoS Computational Biology conference postcards from ISMB 2010
PLoS computational biology, 2010-11, Vol.6 (11), p.e1002000-e1002000
2010
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Linking Expression of Cell-Surface Receptors with Transcription Factors by Computational Analysis of Paired Single-Cell Proteomes and Transcriptomes
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2023, Vol.2660, p.149
2023
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Thin alumina nanoporous membranes for similar size biomolecule separation
Journal of membrane science, 2009-11, Vol.343 (1), p.1-6
2009
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Isolated IBAP1/I Genomic Alteration in Malignant Pleural Mesothelioma Predicts Distinct Immunogenicity with Implications for Immunotherapeutic Response
Cancers, 2022-11, Vol.14 (22)
2022
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Abstract 3370: Chromatin-informed inference of transcriptional programs in gynecologic and basal breast cancers
Cancer research (Chicago, Ill.), 2019-07, Vol.79 (13_Supplement), p.3370-3370
2019
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Estrogen represses gene expression through reconfiguring chromatin structures
Nucleic acids research, 2013-09, Vol.41 (17), p.8061-8071
2013
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Evaluating the barriers to point-of-care documentation for nursing staff
Computers, informatics, nursing, 2012-03, Vol.30 (3), p.126-133
2012
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PLoS Computational Biology Conference Postcards from ISMB 2010: e1002000
PLoS computational biology, 2010-11, Vol.6 (11)
2010
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Improving ChIP-seq peak-calling for functional co-regulator binding by integrating multiple sources of biological information
BMC genomics, 2012-01, Vol.13 Suppl 1 (Suppl 1), p.S1-S1, Article S1
2012
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Information integration approaches for investigating estrogen receptor mediated transcription
2012
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