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Current progress and open challenges for applying deep learning across the biosciences
Nature communications, 2022-04, Vol.13 (1), p.1728-1728, Article 1728
2022
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Misunderstood parameter of NCBI BLAST impacts the correctness of bioinformatics workflows
Bioinformatics (Oxford, England), 2019-05, Vol.35 (9), p.1613-1614
2019
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Emu: species-level microbial community profiling of full-length 16S rRNA Oxford Nanopore sequencing data
Nature methods, 2022-07, Vol.19 (7), p.845-853
2022
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KOMB: K-core based de novo characterization of copy number variation in microbiomes
Computational and structural biotechnology journal, 2022-01, Vol.20, p.3208-3222
2022
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Parsnp 2.0: scalable core-genome alignment for massive microbial datasets
Bioinformatics (Oxford, England), 2024-05, Vol.40 (5)
2024
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It takes guts to learn: machine learning techniques for disease detection from the gut microbiome
Emerging topics in life sciences, 2021-12, Vol.5 (6), p.815-827
2021
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Microbial Community Profiling Protocol with Full‐length 16S rRNA Sequences and Emu
Current protocols, 2024-03, Vol.4 (3), p.e978-n/a
2024
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SeqScreen-Nano: a computational platform for streaming, in-field characterization of microbial pathogens
Proceedings of the 14th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics, 2023, p.1-10
2023
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AppBuilder for DSSTools: an application development environment for developing decision support systems in Prolog
Computers and electronics in agriculture, 2000-06, Vol.27 (1), p.107-125
2000
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NED-1: integrated analyses for forest stewardship decisions
Computers and electronics in agriculture, 2000-06, Vol.27 (1), p.167-193
2000
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