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Deep convolutional neural networks for accurate somatic mutation detection
Nature communications, 2019-03, Vol.10 (1), p.1041-1041, Article 1041
2019
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Circular DNA elements of chromosomal origin are common in healthy human somatic tissue
Nature communications, 2018-03, Vol.9 (1), p.1069-12, Article 1069
2018
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Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis
Nature communications, 2017-07, Vol.8 (1), p.59-59, Article 59
2017
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Structural variants in 3000 rice genomes
Genome research, 2019-05, Vol.29 (5), p.870
2019
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MetaSV: an accurate and integrative structural-variant caller for next generation sequencing
Bioinformatics, 2015-08, Vol.31 (16), p.2741-2744
2015
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ecTMB: a robust method to estimate and classify tumor mutational burden
Scientific reports, 2020-03, Vol.10 (1), p.4983-4983, Article 4983
2020
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Hidden biases in germline structural variant detection
Genome Biology, 2021-12, Vol.22 (1), p.347-347, Article 347
2021
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svclassify: a method to establish benchmark structural variant calls
BMC genomics, 2016-01, Vol.17 (1), p.64-64, Article 64
2016
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Achieving robust somatic mutation detection with deep learning models derived from reference data sets of a cancer sample
Genome Biology, 2022-01, Vol.23 (1), p.12-12, Article 12
2022
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An ensemble approach to accurately detect somatic mutations using SomaticSeq
Genome Biology, 2015-09, Vol.16 (1), p.197, Article 197
2015
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Analysis of deletion breakpoints from 1,092 humans reveals details of mutation mechanisms
Nature communications, 2015-06, Vol.6 (1), p.7256-7256, Article 7256
2015
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Targeted removal of mitochondrial DNA from mouse and human extrachromosomal circular DNA with CRISPR-Cas9
Computational and structural biotechnology journal, 2022-01, Vol.20, p.3059-3067
2022
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LongISLND: in silico sequencing of lengthy and noisy datatypes
Bioinformatics (Oxford, England), 2016-12, Vol.32 (24), p.3829-3832
2016
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Methods for the purification and detection of single nucleotide KRAS mutations on extrachromosomal circular DNA in human plasma
Cancer medicine (Malden, MA), 2023-09, Vol.12 (17), p.17679-17691
2023
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Abstract LB-213: ecTMB: A robust method to estimate and classify tumor mutational burden
Cancer research (Chicago, Ill.), 2019-07, Vol.79 (13_Supplement), p.LB-213-LB-213
2019
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Establishing community reference samples, data and call sets for benchmarking cancer mutation detection using whole-genome sequencing
Nature biotechnology, 2021-09, Vol.39 (9), p.1151-1160
2021
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Hardware/software co‐design of global cloud system resolving models
Journal of advances in modeling earth systems, 2011-04, Vol.3 (4), p.np-n/a
2011
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Ephesus: A curation workflow tool for the clinical interpretation of genomic variants
Journal of clinical oncology, 2020-05, Vol.38 (15_suppl), p.e14074-e14074
2020
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Abstract 386: OnkoInsight: an end-to-end cancer informatics pipeline to generate insights from large sequencing datasets
Cancer research (Chicago, Ill.), 2017-07, Vol.77 (13_Supplement), p.386-386
2017
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Assessing reproducibility of inherited variants detected with short-read whole genome sequencing
Genome Biology, 2022-01, Vol.23 (1), p.2-26, Article 2
2022
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VarSim: a high-fidelity simulation and validation framework for high-throughput genome sequencing with cancer applications
Bioinformatics, 2015-05, Vol.31 (9), p.1469-1471
2015
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PrecisionFDA Truth Challenge V2: Calling variants from short and long reads in difficult-to-map regions
Cell genomics, 2022-05, Vol.2 (5), p.100129-100129, Article 100129
2022
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Fast and accurate read alignment for resequencing
Bioinformatics, 2012-09, Vol.28 (18), p.2366-2373
2012
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Avoiding communication in sparse matrix computations
2008 IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing, 2008, p.1-12
2008
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Energy-Efficient Computing for Extreme-Scale Science
Computer (Long Beach, Calif.), 2009-11, Vol.42 (11), p.62-71
2009
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