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Strain- and Species-Level Variation in the Microbiome of Diabetic Wounds Is Associated with Clinical Outcomes and Therapeutic Efficacy
Cell host & microbe, 2019-05, Vol.25 (5), p.641-655.e5
2019
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Skin Microbiome Surveys Are Strongly Influenced by Experimental Design
Journal of investigative dermatology, 2016-05, Vol.136 (5), p.947-956
2016
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Topical Antimicrobial Treatments Can Elicit Shifts to Resident Skin Bacterial Communities and Reduce Colonization by Staphylococcus aureus Competitors
Antimicrobial agents and chemotherapy, 2017-09, Vol.61 (9)
2017
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HmmUFOtu: An HMM and phylogenetic placement based ultra-fast taxonomic assignment and OTU picking tool for microbiome amplicon sequencing studies
Genome Biology, 2018-06, Vol.19 (1), p.82-82, Article 82
2018
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The human skin double-stranded DNA virome: topographical and temporal diversity, genetic enrichment, and dynamic associations with the host microbiome
mBio, 2015-10, Vol.6 (5), p.e01578-e01515
2015
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Antiseptic Agents Elicit Short-Term, Personalized, and Body Site–Specific Shifts in Resident Skin Bacterial Communities
Journal of investigative dermatology, 2018-10, Vol.138 (10), p.2234-2243
2018
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Commensal microbiota modulate gene expression in the skin
Microbiome, 2018-01, Vol.6 (1), p.20-20, Article 20
2018
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Three transmission events of Vibrio cholerae O1 into Lusaka, Zambia
BMC infectious diseases, 2021-06, Vol.21 (1), p.570-570, Article 570
2021
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Binnacle: Using Scaffolds to Improve the Contiguity and Quality of Metagenomic Bins
Frontiers in microbiology, 2021-02, Vol.12, p.638561-638561
2021
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Cutaneous Leishmaniasis Induces a Transmissible Dysbiotic Skin Microbiota that Promotes Skin Inflammation
Cell host & microbe, 2017-07, Vol.22 (1), p.13-24.e4
2017
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Embracing Ambiguity in the Taxonomic Classification of Microbiome Sequencing Data
Frontiers in genetics, 2019-10, Vol.10, p.1022-1022
2019
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Human macrophage response to microbial supernatants from diabetic foot ulcers
Wound repair and regeneration, 2019-11, Vol.27 (6), p.598-608
2019
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Evolutionary and functional implications of hypervariable loci within the skin virome
PeerJ (San Francisco, CA), 2017-02, Vol.5, p.e2959-e2959, Article e2959
2017
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Current State of and Future Opportunities for Prediction in Microbiome Research: Report from the Mid-Atlantic Microbiome Meet-up in Baltimore on 9 January 2019
mSystems, 2019-10, Vol.4 (5)
2019
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Current progress and future opportunities in applications of bioinformatics for biodefense and pathogen detection: report from the Winter Mid-Atlantic Microbiome Meet-up, College Park, MD, January 10, 2018
Microbiome, 2018-11, Vol.6 (1), p.197-10, Article 197
2018
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Targeted gown and glove use to prevent Staphylococcus aureus acquisition in community-based nursing homes: A pilot study
Infection control and hospital epidemiology, 2021-04, Vol.42 (4), p.448-454
2021
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The Human Microbiome
Genomic and Precision Medicine, 2017, p.63-77
Third Edition, 2017
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Metagenomic and Transcriptomic Insights into the Skin Microbiome and Host Response
2017
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HmmUFOtu: An HMM and Phylogenetic Placement based Ultra-fast Taxonomic Assignment and OTU Picking Tool for Microbiome Amplicon Sequencing Studies
Proceedings of the 2018 ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics, 2018, p.503-503
2018
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Chapter 4 - The Human Microbiome
Genomic and Precision Medicine, 2017, p.63-77
Third Edition, 2017
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