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Automatic quality control of single-cell and single-nucleus RNA-seq using valiDrops
NAR genomics and bioinformatics, 2023-12, Vol.5 (4)
2023
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RNA-Seq and Mass-Spectrometry-Based Lipidomics Reveal Extensive Changes of Glycerolipid Pathways in Brown Adipose Tissue in Response to Cold
Cell reports (Cambridge), 2015-12, Vol.13 (9), p.2000-2013
2015
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iRNA-seq: computational method for genome-wide assessment of acute transcriptional regulation from total RNA-seq data
Nucleic acids research, 2015-03, Vol.43 (6), p.e40-e40
2015
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Integrative Genomics Outlines a Biphasic Glucose Response and a ChREBP-RORγ Axis Regulating Proliferation in β Cells
Cell reports (Cambridge), 2016-08, Vol.16 (9), p.2359-2372
2016
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JOINTLY: interpretable joint clustering of single-cell transcriptomes
Nature communications, 2023-12, Vol.14 (1), p.8473-8473, Article 8473
2023
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Dynamic Rewiring of Promoter-Anchored Chromatin Loops during Adipocyte Differentiation
Molecular cell, 2017-05, Vol.66 (3), p.420-435.e5
2017
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Glucolipotoxicity promotes the capacity of the glycerolipid/NEFA cycle supporting the secretory response of pancreatic beta cells
Diabetologia, 2022-04, Vol.65 (4), p.705-720
2022
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Integrated analysis of motif activity and gene expression changes of transcription factors
Genome research, 2018-02, Vol.28 (2), p.243-255
2018
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AMPK Profiling in Rodent and Human Pancreatic Beta-Cells under Nutrient-Rich Metabolic Stress
International journal of molecular sciences, 2020-06, Vol.21 (11), p.3982
2020
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Isolation of nuclei from mouse white adipose tissues for single-nucleus genomics
STAR protocols, 2021-09, Vol.2 (3), p.100612-100612, Article 100612
2021
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Plasticity of Epididymal Adipose Tissue in Response to Diet-Induced Obesity at Single-Nucleus Resolution
Cell metabolism, 2021-02, Vol.33 (2), p.437-453.e5
2021
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Analysis of Enhancers and Transcriptional Networks in Thermogenic Adipocytes
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2022, Vol.2448, p.155
2022
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Acute TNF-induced repression of cell identity genes is mediated by NFκB-directed redistribution of cofactors from super-enhancers
Genome research, 2015-09, Vol.25 (9), p.1281-1294
2015
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Browning of human adipocytes requires KLF11 and reprogramming of PPARγ superenhancers
Genes & development, 2015-01, Vol.29 (1), p.7-22
2015
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