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Parmbsc1: a refined force field for DNA simulations
Nature methods, 2016-01, Vol.13 (1), p.55
2016
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Biomolecular simulations: From dynamics and mechanisms to computational assays of biological activity
Wiley interdisciplinary reviews. Computational molecular science, 2019-05, Vol.9 (3), p.e1393-n/a
2019
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CoCo-MD: A Simple and Effective Method for the Enhanced Sampling of Conformational Space
Journal of chemical theory and computation, 2019-04, Vol.15 (4), p.2587-2596
2019
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Ligand-induced conformational selection predicts the selectivity of cysteine protease inhibitors
PloS one, 2019-12, Vol.14 (12), p.e0222055-e0222055
2019
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Design, Synthesis, and Application of Fluorescent Ligands Targeting the Intracellular Allosteric Binding Site of the CXC Chemokine Receptor 2
Journal of medicinal chemistry, 2023-09, Vol.66 (18), p.12911-12930
2023
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Molecular Dynamics Simulations of the Adenosine A2a Receptor in POPC and POPE Lipid Bilayers: Effects of Membrane on Protein Behavior
Journal of chemical information and modeling, 2014-02, Vol.54 (2), p.573-581
2014
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In vitro antitumor mechanism of (E)-N-(2-methoxy-5-(((2,4,6-trimethoxystyryl)sulfonyl)methyl)pyridin-3-yl)methanesulfonamide
Molecular pharmacology, 2015-01, Vol.87 (1), p.18-30
2015
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Unveiling a novel transient druggable pocket in BACE-1 through molecular simulations: Conformational analysis and binding mode of multisite inhibitors
PloS one, 2017-05, Vol.12 (5), p.e0177683
2017
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Synthetic lethal targeting of DNA double-strand break repair deficient cells by human apurinic/apyrimidinic endonuclease inhibitors
International journal of cancer, 2012-11, Vol.131 (10), p.2433-2444
2012
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In Vitro Anticancer Properties of Novel Bis-Triazoles
Current issues in molecular biology, 2022-12, Vol.45 (1), p.175-196
2022
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Correction: Unveiling a novel transient druggable pocket in BACE-1 through molecular simulations: Conformational analysis and binding mode of multisite inhibitors
PloS one, 2017-12, Vol.12 (12), p.e0190327-e0190327
2017
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Essential Dynamics:  A Tool for Efficient Trajectory Compression and Management
Journal of chemical theory and computation, 2006-03, Vol.2 (2), p.251-258
2006
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Rapid Nanogram Scale Screening Method of Microarrays to Evaluate Drug–Polymer Blends Using High-Throughput Printing Technology
Molecular pharmaceutics, 2017-06, Vol.14 (6), p.2079-2087
2017
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Theoretical study of large conformational transitions in DNA: the B<-->A conformational change in water and ethanol/water
Nucleic acids research, 2007-05, Vol.35 (10), p.3330
2007
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Investigation of the flexibility of protein kinases implicated in the pathology of Alzheimer's disease
Molecules (Basel, Switzerland), 2014-06, Vol.19 (7), p.9134-9159
2014
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Van der Waals Interactions Dominate Ligand−Protein Association in a Protein Binding Site Occluded from Solvent Water
Journal of the American Chemical Society, 2005-08, Vol.127 (33), p.11827-11834
2005
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Refinement of the AMBER Force Field for Nucleic Acids: Improving the Description of α/ γ Conformers
Biophysical journal, 2007-06, Vol.92 (11), p.3817-3829
2007
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GLIMPS: A Machine Learning Approach to Resolution Transformation for Multiscale Modeling
Journal of chemical theory and computation, 2021-12, Vol.17 (12), p.7930-7937
2021
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Molecular Dynamics Simulations of Duplex Stretching Reveal the Importance of Entropy in Determining the Biomechanical Properties of DNA
Biophysical journal, 2005-03, Vol.88 (3), p.1684-1691
2005
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Antitumor Polycyclic Acridines. 20. Search for DNA Quadruplex Binding Selectivity in a Series of 8,13-Dimethylquino[4,3,2-kl]acridinium Salts: Telomere- Targeted Agents
Journal of medicinal chemistry, 2008-02, Vol.51 (4), p.963-975
2008
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Destabilization of DNA duplexes by oxidative damage at guanine: implications for lesion recognition and repair
Journal of the Royal Society interface, 2008-12, Vol.5 Suppl 3, p.S191
2008
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Development of fluorescent peptide G protein‐coupled receptor activation biosensors for NanoBRET characterization of intracellular allosteric modulators
The FASEB journal, 2022-11, Vol.36 (11), p.e22576-n/a
2022
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Pharmacodynamics of the G-Quadruplex-Stabilizing Telomerase Inhibitor 3,11-Difluoro-6,8,13-trimethyl-8H-quino[4,3,2-kl]acridinium methosulfate (RHPS4) in Vitro: Activity in Human Tumor Cells Correlates with Telomere Length and Can Be Enhanced, or Antagonized, with Cytotoxic Agents
Molecular pharmacology, 2005-12, Vol.68 (6), p.1551-1558
2005
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Optimizing Excipient Properties to Prevent Aggregation in Biopharmaceutical Formulations
Journal of chemical information and modeling, 2024-01, Vol.64 (1), p.265-275
2024
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Experimental study and computational modelling of cruzain cysteine protease inhibition by dipeptidyl nitriles
Physical chemistry chemical physics : PCCP, 2018, Vol.2 (37), p.24317-24328
2018
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