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Dissociation of solid tumor tissues with cold active protease for single-cell RNA-seq minimizes conserved collagenase-associated stress responses
Genome Biology, 2019-10, Vol.20 (1), p.210-210, Article 210
2019
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CX-5461 is a DNA G-quadruplex stabilizer with selective lethality in BRCA1/2 deficient tumours
Nature communications, 2017-02, Vol.8 (1), p.14432-18, Article 14432
2017
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clonealign: statistical integration of independent single-cell RNA and DNA sequencing data from human cancers
Genome Biology, 2019-03, Vol.20 (1), p.54-54, Article 54
2019
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Identification of transcriptional programs using dense vector representations defined by mutual information with GeneVector
Nature communications, 2023-07, Vol.14 (1), p.4400-4400, Article 4400
2023
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Single-cell decoding of drug induced transcriptomic reprogramming in triple negative breast cancers
Genome Biology, 2024-07, Vol.25 (1), p.1-32, Article 191
2024
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Epiclomal: Probabilistic clustering of sparse single-cell DNA methylation data
PLoS computational biology, 2020-09, Vol.16 (9), p.e1008270-e1008270
2020
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Tissue Dissociation for Metastasis Studies
Cold Spring Harbor protocols, 2016-02, Vol.2016 (2), p.pdb.prot078329
2016
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Abstract 4706: Temperature-dependent transcription artifacts and cell population biases in scRNAseq data are minimized by tissue dissociation at low temperatures
Cancer research (Chicago, Ill.), 2019-07, Vol.79 (13_Supplement), p.4706-4706
2019
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Abstract PD8-05: Single-cell analysis of breast cancer metastasis using patient-derived xenograft model reveals clonal relationship between primary tumor and its metastases
Cancer research (Chicago, Ill.), 2020-02, Vol.80 (4_Supplement), p.PD8-05-PD8-05
2020
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Abstract A037: Exploring the therapeutic effectiveness of EO3001 in the treatment of clear cell ovarian cancers with ARID1A mutations
Cancer research (Chicago, Ill.), 2024-03, Vol.84 (5_Supplement_2), p.A037-A037
2024
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Cancer phylogenetic tree inference at scale from 1000s of single cell genomes
Peer community journal, 2023-07, Vol.3, Article e63
2023
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Abstract 2182: The evolution of high grade serous ovarian cancer under the pressure of non-cytotoxic and cytotoxic treatment
Cancer research (Chicago, Ill.), 2023-04, Vol.83 (7_Supplement), p.2182-2182
2023
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Enrichment of Mammary Basal and Luminal Cells for Cell-of-Origin Metastasis Studies
Cold Spring Harbor protocols, 2016-02, Vol.2016 (2), p.pdb.prot078345
2016
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Methods to Study Metastasis in Genetically Modified Mice
Cold Spring Harbor protocols, 2016-02, Vol.2016 (2), p.pdb.top069948
2016
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