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Automation of absolute protein-ligand binding free energy calculations for docking refinement and compound evaluation
Scientific reports, 2021-01, Vol.11 (1), p.1116-1116, Article 1116
2021
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Absolute binding free energy calculations improve enrichment of actives in virtual compound screening
Scientific reports, 2022-08, Vol.12 (1), p.13640-13640, Article 13640
2022
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Molecular dynamics simulations of the mammalian glutamate transporter EAAT3
PloS one, 2014-03, Vol.9 (3), p.e92089-e92089
2014
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Mechanism and Energetics of Ligand Release in the Aspartate Transporter GltPh
The journal of physical chemistry. B, 2013-05, Vol.117 (18), p.5486-5496
2013
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Position of the third Na+ site in the aspartate transporter GltPh and the human glutamate transporter, EAAT1
PloS one, 2012-03, Vol.7 (3), p.e33058-e33058
2012
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A potent and selective peptide blocker of the Kv1.3 channel: prediction from free-energy simulations and experimental confirmation
PloS one, 2013-11, Vol.8 (11), p.e78712
2013
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Computational Studies of Glutamate Transporters
Biomolecules (Basel, Switzerland), 2015-11, Vol.5 (4), p.3067-3086
2015
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Molecular Dynamics Simulations Elucidate the Mechanism of Proton Transport in the Glutamate Transporter EAAT3
Biophysical journal, 2014-06, Vol.106 (12), p.2675-2683
2014
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BAT2: an Open-Source Tool for Flexible, Automated, and Low Cost Absolute Binding Free Energy Calculations
Journal of chemical theory and computation, 2024-08, Vol.20 (15), p.6518-6530
2024
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Attach-Pull-Release Calculations of Ligand Binding and Conformational Changes on the First BRD4 Bromodomain
Journal of chemical theory and computation, 2017-07, Vol.13 (7), p.3260-3275
2017
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Investigating the Solvent Effects on Binding Affinity of PAHs-ExBox 4+ Complexes: An Alchemical Approach
The journal of physical chemistry. B, 2023-01, Vol.127 (1), p.249-260
2023
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Investigating the Solvent Effects on Binding Affinity of PAHs–ExBox4+ Complexes: An Alchemical Approach
The journal of physical chemistry. B, 2023-01, Vol.127 (1), p.249-260
2023
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Insights into the Human Glutamate Transporters from the Bacterial Homolog Glt(Ph)
Biophysical journal, 2013-01, Vol.104 (2), p.109a-109a
2013
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Computation of Standard Binding Free Energies of Polar and Charged Ligands to the Glutamate Receptor GluA2
The journal of physical chemistry. B, 2014-02, Vol.118 (7), p.1813-1824
2014
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Shedding Light on the Hydrolysis Mechanism of cis, trans-[Ru(dmso)4Cl2] Complexes and Their Interactions with DNAA Computational Perspective
The journal of physical chemistry. B, 2019-01, Vol.123 (2), p.457-467
2019
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Free Energy Simulations of Ligand Binding to the Aspartate Transporter GltPh
Biophysical journal, 2011-11, Vol.101 (10), p.2380-2388
2011
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Mechanism and Energetics of Ligand Release in the Aspartate Transporter Glt sub(Ph)
The journal of physical chemistry. B, 2013-05, Vol.117 (18), p.5486-5496-5486-5496
2013
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Mechanism and Energetics of Ligand Release in the Aspartate Transporter Glt Ph
The journal of physical chemistry. B, 2013-05, Vol.117 (18), p.5486-5496
2013
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Probing the potential of ureasil-poly(ethylene oxide) as a glyphosate scavenger in aqueous milieu: force-field parameterization and MD simulations
New journal of chemistry, 2021-11, Vol.45 (42), p.19831-19841
2021
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Free Energy Simulations of Ligand Binding to the Aspartate Transporter Glt^sub Ph
Biophysical journal, 2011-11, Vol.101 (10), p.2380
2011
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Na+ Interactions with the Neutral Amino Acid Transporter ASCT1
The Journal of biological chemistry, 2014-06, Vol.289 (25), p.17468-17479
2014
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Free Energy Simulations of Ligand Binding to the Aspartate Transporter GltPₕ
Biophysical journal, 2011, Vol.101 (10), p.2380-2388
2011
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A theoretical investigation on the aminolysis of pyromellitic and 1,4,5,8-naphthalenetetracarboxylic dianhydrides
Computational and theoretical chemistry, 2019-01, Vol.1147, p.13-19
2019
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Position of the Third Na.sup.+ Site in the Aspartate Transporter Glt.sub.Ph and the Human Glutamate Transporter, EAAT1
PloS one, 2012-03, Vol.7 (3), p.e33058
2012
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