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Ribose-Map: a bioinformatics toolkit to map ribonucleotides embedded in genomic DNA
Nucleic acids research, 2019-01, Vol.47 (1), p.e5
2019
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Light-strand bias and enriched zones of embedded ribonucleotides are associated with DNA replication and transcription in the human-mitochondrial genome
Nucleic acids research, 2024-02, Vol.52 (3), p.1207
2024
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Ribonucleotide incorporation in yeast genomic DNA shows preference for cytosine and guanosine preceded by deoxyadenosine
Nature communications, 2020-05, Vol.11 (1), p.2447-2447, Article 2447
2020
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Mapping ribonucleotides embedded in genomic DNA to single-nucleotide resolution using Ribose-Map
Nature protocols, 2021-07, Vol.16 (7), p.3625-3638
2021
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Genetic Characterization of Three Distinct Mechanisms Supporting RNA-Driven DNA Repair and Modification Reveals Major Role of DNA Polymerase ζ
Molecular cell, 2020-09, Vol.79 (6), p.1037-1050.e5
2020
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Disproportionate presence of adenosine in mitochondrial and chloroplast DNA of Chlamydomonas reinhardtii
iScience, 2021-01, Vol.24 (1), p.102005-102005, Article 102005
2021
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Distinct features of ribonucleotides within genomic DNA in Aicardi-Goutières syndrome ortholog mutants of Saccharomyces cerevisiae
iScience, 2024-06, Vol.27 (6), p.110012, Article 110012
2024
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Ribose-Map: A bioinformatics toolkit for ribonucleotide sequencing experiments
Software impacts, 2021-11, Vol.10, p.100136, Article 100136
2021
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